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Yorodumi- PDB-6ujd: Crystal structure of Cysteine-tRNA ligase from Elizabethkingia sp. -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ujd | ||||||
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Title | Crystal structure of Cysteine-tRNA ligase from Elizabethkingia sp. | ||||||
Components | Cysteine--tRNA ligase | ||||||
Keywords | LIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Elizabethkingia sp / Cysteine-tRNA ligase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information cysteine-tRNA ligase / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Elizabethkingia sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of Cysteine-tRNA ligase from Elizabethkingia sp. Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ujd.cif.gz | 215.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ujd.ent.gz | 141.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ujd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/6ujd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/6ujd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1li5S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 56920.367 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: ElmeA.00133.a.B1 / Mutation: T410A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Elizabethkingia sp. (bacteria) / Gene: cysS, BMF97_00660 / Plasmid: ElmeA.00133.a.B1 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A1T3F4R2, cysteine-tRNA ligase |
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-Non-polymers , 6 types, 87 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / | #5: Chemical | ChemComp-PG5 / | #6: Chemical | ChemComp-EDO / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: Anatrace MCSG-1 screen, condition A3: 10% (w/V) PEG 8000, 200mM sodium chloride, 100mM sodium phosphate dibasic / potassium phosphate monobasic pH 6.2: ElmeA.00133.a.B1.PS385583 at 8.47 ...Details: Anatrace MCSG-1 screen, condition A3: 10% (w/V) PEG 8000, 200mM sodium chloride, 100mM sodium phosphate dibasic / potassium phosphate monobasic pH 6.2: ElmeA.00133.a.B1.PS385583 at 8.47 mg/ml: cryo: 25% EG in 2 steps: tray 310561 a3: puck kzn9-2. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Aug 8, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 20872 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.936 % / Biso Wilson estimate: 68.633 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 29.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1li5-A as per Morda Resolution: 2.6→38.46 Å / SU ML: 0.312 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.2052
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 70.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→38.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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