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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gbx | ||||||
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Title | Crystal structure of an immune complex at pH 6.5 | ||||||
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Function / homology | ![]() MHC class II protein complex assembly / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation ...MHC class II protein complex assembly / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / CD4 receptor binding / positive regulation of kinase activity / inflammatory response to antigenic stimulus / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sethi, D.K. / Pos, W. / Wucherpfennig, K.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the HLA-DM-HLA-DR1 Complex Defines Mechanisms for Rapid Peptide Selection. Authors: Pos, W. / Sethi, D.K. / Call, M.J. / Schulze, M.S. / Anders, A.K. / Pyrdol, J. / Wucherpfennig, K.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 317.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 263.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-HLA class II histocompatibility antigen, ... , 4 types, 4 molecules CDAB
#1: Protein | Mass: 22992.891 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D191N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: alpha chain, DMA, HLA-DM, HLA-DMA, MHC CLASS II MOLECULE, RING6 Plasmid: PEE14.1 / Production host: ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 22233.170 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: S64C, D110N, Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: beta chain, DMB, HLA-DMB, MHC Class II molecule HLA-DM, RING7 Plasmid: pEE14.1 / Production host: ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 22111.936 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C90V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: alpha chain, HLA-DR1, HLA-DRA, HLA-DRA1, MHC Class II molecule Production host: ![]() ![]() ![]() |
#4: Protein | Mass: 23735.449 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: S59C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Protein/peptide / Sugars / Non-polymers , 3 types, 60 molecules E![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Protein/peptide | ![]() Mass: 1077.298 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||
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#6: Sugar | ![]() #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.24 Å3/Da / Density % sol: 62.01 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1M MES, 6% PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 19, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→40 Å / Num. all: 27300 / Num. obs: 27191 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 70.3169 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→36.991 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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