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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tzc | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of African Swine Fever Virus A179L with the Autophagy Regulator Beclin | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/APOPTOSIS (構造) / Apoptosis (アポトーシス) / Autophagy (オートファジー) / Bcl-2 virus / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / STRUCTURAL PROTEIN-APOPTOSIS complex (構造) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / suppression by virus of host autophagy / early endosome to late endosome transport / cellular response to nitrogen starvation / late endosome to vacuole transport / phagophore assembly site / host cell endoplasmic reticulum ...: / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / suppression by virus of host autophagy / early endosome to late endosome transport / cellular response to nitrogen starvation / late endosome to vacuole transport / phagophore assembly site / host cell endoplasmic reticulum / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / host cell mitochondrion / carbohydrate transport / autophagosome assembly / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / オートファゴソーム / cellular response to glucose starvation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / : / regulation of cytokinesis / ミトコンドリア / オートファジー / オートファジー / エンドサイトーシス / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of apoptotic process / defense response to virus / ペリプラズム / endosome membrane / 細胞周期 / 細胞分裂 / apoptotic process / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / ゴルジ体 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å | |||||||||
データ登録者 | Banjara, S. / Kvansakul, M. / Hinds, M.G. | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2019 タイトル: Crystal Structure of African Swine Fever Virus A179L with the Autophagy Regulator Beclin. 著者: Banjara, S. / Shimmon, G.L. / Dixon, L.K. / Netherton, C.L. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tzc.cif.gz | 379.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tzc.ent.gz | 258.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tzc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/6tzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/6tzc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5ua5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40684.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18126.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted) (アフリカ豚熱ウイルス) 株: Badajoz 1971 Vero-adapted / 遺伝子: Ba71V-041, A179L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42485 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2845.193 Da / 分子数: 1 / Fragment: BH3 motif, residues 103-128 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q4A1L5 |
#4: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 % / 解説: Thin Plate |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.41→51.59 Å / Num. obs: 24021 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 34.28 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.41→2.47 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2373 / CC1/2: 0.48 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5UA5 解像度: 2.41→51.58 Å / SU ML: 0.3476 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 27.2483 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.41→51.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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