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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6trj | ||||||
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タイトル | LEDGF/p75 IBD dimer | ||||||
要素 | PC4 and SFRS1-interacting protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / transcription factor (転写因子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン ...supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン / nuclear periphery / ユークロマチン / response to heat / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / クロマチンリモデリング / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kugler, M. / Brynda, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure タイトル: Fine-tuning of the LEDGF/p75 interaction network by dimerization 著者: Lux, V. / Brouns, T. / Cermakova, K. / Srb, P. / Fabry, M. / Madlikova, M. / Horejsi, M. / Kugler, M. / Brynda, J. / Novak, P. / DeRijck, J. / Christ, F. / Debyser, Z. / Veverka, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6trj.cif.gz | 53.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6trj.ent.gz | 38.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6trj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/6trj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/6trj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10519.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75475 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.1M DL-Alanine; 0.1M Glycine; 0.1M DL-Lysine monohydrochloride; 0.1M DL-Serine; 0.1 M Tris (base); BICINE pH 8.5; 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 ...詳細: 0.1M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.1M DL-Alanine; 0.1M Glycine; 0.1M DL-Lysine monohydrochloride; 0.1M DL-Serine; 0.1 M Tris (base); BICINE pH 8.5; 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 (Morpheus Molecular Dimensions condition H11) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.3→50.88 Å / Num. obs: 22048 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 5.467 % / Biso Wilson estimate: 21.766 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 17.65 / Num. measured all: 120531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.3→50.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.872 / SU ML: 0.033 / SU R Cruickshank DPI: 0.0455 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.12 Å2 / Biso mean: 22.167 Å2 / Biso min: 11.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.3→50.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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