+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6y8q | ||||||
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Title | AbiEi antitoxin from Streptococcus agalactiae | ||||||
Components | Abortive phage infection protein | ||||||
Keywords | ANTITOXIN / DNA-binding / Toxin-Antitoxin systems / AbiE | ||||||
Function / homology | Transcriptional regulator, AbiEi antitoxin / Transcriptional regulator, AbiEi antitoxin / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / Abortive phage infection protein / Abortive infection protein AbiGI Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus agalactiae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.83 Å | ||||||
Authors | Blower, T.R. / Beck, I.N. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2020 Title: Antitoxin autoregulation of M. tuberculosis toxin-antitoxin expression through negative cooperativity arising from multiple inverted repeat sequences. Authors: Beck, I.N. / Usher, B. / Hampton, H.G. / Fineran, P.C. / Blower, T.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6y8q.cif.gz | 325.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6y8q.ent.gz | 265.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6y8q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/6y8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/6y8q | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22970.385 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus agalactiae (bacteria) / Gene: AX245_08605, F5043_04970 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: A0A0E1ENP6, UniProt: Q8DZ36*PLUS #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.53 Å3/Da / Density % sol: 65.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 294.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 15% PEG 3350, 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 11, 2019 |
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.83→42.11 Å / Num. obs: 106618 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 1.94 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.83→1.86 Å / Num. unique obs: 5213 / CC1/2: 0.471 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.83→42.1 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 21.8
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→42.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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