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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tdn | ||||||
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タイトル | Bam_5925cDD 5924nDD docking domains | ||||||
要素 | Beta-ketoacyl synthase,Beta-ketoacyl synthase | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / docking domain / polyketide synthase (ポリケチド合成酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetyltransferase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia ambifaria AMMD (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Risser, F. / Chagot, B. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020 タイトル: Towards improved understanding of intersubunit interactions in modular polyketide biosynthesis: Docking in the enacyloxin IIa polyketide synthase. 著者: Risser, F. / Collin, S. / Dos Santos-Morais, R. / Gruez, A. / Chagot, B. / Weissman, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tdn.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tdn.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tdn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/6tdn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/6tdn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6tddC 6tdmC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9150.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria AMMD (バクテリア) 遺伝子: Bamb_5925, Bamb_5924 / プラスミド: pBG102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0B303, UniProt: Q0B304 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1 mM / 構成要素: protein / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] |
試料状態 | イオン強度: 0.1 M / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25 |