[日本語] English
万見
- PDB-6su4: Crystal structure of the 48C12 heliorhodopsin in the blue form at... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6su4
タイトルCrystal structure of the 48C12 heliorhodopsin in the blue form at pH 4.3
要素48C12 heliorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / heliorhodopsin / retinal (レチナール) / transmembrane protein (膜貫通型タンパク質) / rhodopsin (ロドプシン)
機能・相同性Heliorhodopsin / Heliorhodopsin / 生体膜 / 酢酸塩 / エイコサン / オレイン酸 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / レチナール / Heliorhodopsin
機能・相同性情報
生物種Actinobacteria bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kovalev, K. / Volkov, D. / Astashkin, R. / Alekseev, A. / Gushchin, I. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, ロシア, 5件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE11-0029-02/FA 301/11-1 フランス
French National Research AgencyANR-14-CE09-0028 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural BiologyANR-10-INSB-05-02 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell BiologyANR-10-LABX-49-01 フランス
Russian Foundation for Basic Research19-52-15017 ロシア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: High-resolution structural insights into the heliorhodopsin family.
著者: Kovalev, K. / Volkov, D. / Astashkin, R. / Alekseev, A. / Gushchin, I. / Haro-Moreno, J.M. / Chizhov, I. / Siletsky, S. / Mamedov, M. / Rogachev, A. / Balandin, T. / Borshchevskiy, V. / ...著者: Kovalev, K. / Volkov, D. / Astashkin, R. / Alekseev, A. / Gushchin, I. / Haro-Moreno, J.M. / Chizhov, I. / Siletsky, S. / Mamedov, M. / Rogachev, A. / Balandin, T. / Borshchevskiy, V. / Popov, A. / Bourenkov, G. / Bamberg, E. / Rodriguez-Valera, F. / Buldt, G. / Gordeliy, V.
履歴
登録2019年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
X: 48C12 heliorhodopsin
A: 48C12 heliorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,93839
ポリマ－58,1942
非ポリマー9,74337
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19260 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.177, 60.744, 92.913
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 XA

#1: タンパク質 48C12 heliorhodopsin


分子量: 29097.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacteria bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R4S913*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 197分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン / エイコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: The crystals were grown using in meso crystallization technique. Precipitant: 2.4 M AmSO4; pH 4.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.81 Å / Num. obs: 99767 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 379765
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.533.81.5861767447130.3330.9331.8460.795
8.22-48.813.40.02122206470.9990.0130.02539.698.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HYJ

4hyj


解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.707 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.068
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 4991 5 %RANDOM
Rwork0.1734 ---
obs0.1747 94710 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.26 Å2 / Biso mean: 27.433 Å2 / Biso min: 12.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å2-0 Å20.17 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3933 0 438 162 4533
Biso mean--53.61 35.48 -
残基数----508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0134586
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0174756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1661.6556131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.251.59111018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6645542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.94521.591176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.44415621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9571510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02952
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 330 -
Rwork0.335 6767 -
all-7097 -
obs--96.7 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る