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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6snd | ||||||||||||
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タイトル | crystal structure of LN01 Fab in complex with an HIV-1 gp41 peptide | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / gp41 / antibody (抗体) / complex / MPER | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane ...: / Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Caillat, C. / Pinto, D. / Corti, D. / Fenwick, C. / Pantaleo, G. / Weissenhorn, W. | ||||||||||||
資金援助 | スイス, フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019 タイトル: Structural Basis for Broad HIV-1 Neutralization by the MPER-Specific Human Broadly Neutralizing Antibody LN01. 著者: Pinto, D. / Fenwick, C. / Caillat, C. / Silacci, C. / Guseva, S. / Dehez, F. / Chipot, C. / Barbieri, S. / Minola, A. / Jarrossay, D. / Tomaras, G.D. / Shen, X. / Riva, A. / Tarkowski, M. / ...著者: Pinto, D. / Fenwick, C. / Caillat, C. / Silacci, C. / Guseva, S. / Dehez, F. / Chipot, C. / Barbieri, S. / Minola, A. / Jarrossay, D. / Tomaras, G.D. / Shen, X. / Riva, A. / Tarkowski, M. / Schwartz, O. / Bruel, T. / Dufloo, J. / Seaman, M.S. / Montefiori, D.C. / Lanzavecchia, A. / Corti, D. / Pantaleo, G. / Weissenhorn, W. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6snd.cif.gz | 408.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6snd.ent.gz | 301.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6snd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/6snd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/6snd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-抗体 , 2種, 4分子 ALBH
#1: 抗体 | 分子量: 23230.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 25520.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 CP
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3292.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: G3DH64, UniProt: P04578*PLUS #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 3分子
#5: 化合物 | ChemComp-DPV / |
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#6: 化合物 | ChemComp-PC / |
#7: 化合物 | ChemComp-PSF / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7,5 10% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→48.91 Å / Num. obs: 26213 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 76.56 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.968 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4662 / CC1/2: 0.671 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→47.17 Å / SU ML: 0.4803 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.3254 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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