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- PDB-6scr: Structure of CcmK4 from Synechocystis sp. PCC6803 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6scr
タイトルStructure of CcmK4 from Synechocystis sp. PCC6803
要素Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / bacterial micro-compartment / carboxysome (カルボキシソーム) / CcmK4 / 2D assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of carboxysome shell / カルボキシソーム / 炭素固定 / 光合成
類似検索 - 分子機能
Carboxysome shell protein CcmK / BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC ...Carboxysome shell protein CcmK / BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxysome shell protein CcmK4
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Maveyraud, L. / Garcia-Alles, L.F. / Mourey, L.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Occurrence and stability of hetero-hexamer associations formed by beta-carboxysome CcmK shell components.
著者: Garcia-Alles, L.F. / Root, K. / Maveyraud, L. / Aubry, N. / Lesniewska, E. / Mourey, L. / Zenobi, R. / Truan, G.
履歴
登録2019年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 4
B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7903
ポリマ－27,7282
非ポリマー621
水2,648147
1
A: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 4
B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 4
ヘテロ分子

A: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 4
B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 4
ヘテロ分子

A: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 4
B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3699
ポリマ－83,1836
非ポリマー1863
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area13270 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area22240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.681, 70.681, 64.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-360-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Carbon dioxide-concentrating mechanism protein CcmK homolog 4


分子量: 13863.758 Da / 分子数: 2 / 変異: MAHHHHASGENLYFQGAMA is an added Nterminal tag / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: ccmK4, slr1839 / プラスミド: pET-26b
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P73407
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.27 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 22 % (w/v) PEG 4000 0.2 M ammonium sulfate 0.1 M sodium acetate at pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→61.21 Å / Num. obs: 17065 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.8410.51.2821.99940.8470.5731.3480.9899.7
9-61.218.90.03743.41490.9990.0170.0390.9198.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
Cootモデル構築
PHENIX精密化
REFMAC精密化
PHASER位相決定
TRUNCATEデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
XDSデータスケーリング
EDNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A18

2a18


解像度: 1.8→61.2 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 27.08
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1924 869 5.1 %random selection
Rwork0.171 ---
obs0.1721 17024 99.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→61.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1509 0 4 147 1660

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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