PDB-6s1u: Crystal structure of dimeric M-PMV protease C7A/D26N/C106A mutant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s1u

タイトル

Crystal structure of dimeric M-PMV protease C7A/D26N/C106A mutant in complex with inhibitor

要素

Gag-Pro-Pol polyprotein
PRO-0A1-VAL-PSA-ALA-MET-THR

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Mason-Pfizer Monkey Virus / M-PMV /

retrovirus (レトロウイルス科) /

retropepsin /

aspartic protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) /

dimerization /

inhibitor (酵素阻害剤) / flap structure

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP diphosphatase /

dUTP diphosphatase activity /

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ /

リボヌクレアーゼH / RNA stem-loop binding / DNA integration /

逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency /

RNA-directed DNA polymerase activity ...
類似検索 - 分子機能

GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain /

dUTPase-like /

dUTPase ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wosicki, S. / Gilski, M. / Jaskolski, M. / Zabranska, H. / Pichova, I.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Comparison of a retroviral protease in monomeric and dimeric states.
著者: Wosicki, S. / Gilski, M. / Zabranska, H. / Pichova, I. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2019年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s1u.cif.gz	105.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s1u.ent.gz	81 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s1u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s1u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s1vC 6s1wC 3sqfS 1az5 1bai 1ivp 2fmb 2rsp 3hvp 3liy 3slz 4fiv 4hvp S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s1v-d 1b11-1 1fiv-1 4j5j-d 3ogp-d 3s53-d 5fiv-1 6fiv-1 5b18-2 3cod-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/repod.0005795 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/repod.0005795

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (12) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gag-Pro-Pol polyprotein

B: Gag-Pro-Pol polyprotein

I: PRO-0A1-VAL-PSA-ALA-MET-THR

26.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.603, 29.413, 85.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 108 / Label seq-ID: 1 - 108

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	B
2	A	A

#1: タンパク質	Gag-Pro-Pol polyprotein / Pr180 分子量: 12899.834 Da / 分子数: 2 / 変異: C7A, D26N, C106A; ENGINEERED MUTATION / 由来タイプ: 組換発現詳細: Gaps in the sequence indicate residues that were not modeled because of poor electron density. 由来: (組換発現) Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス) 遺伝子: gag-pro-pol / プラスミド: pBPS13ATG 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P07572, dUTP diphosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, 逆転写酵素, ...参照: UniProt: P07572, dUTP diphosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, リボヌクレアーゼH, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド	PRO-0A1-VAL-PSA-ALA-MET-THR 分子量: 886.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: In the standard definition used by Refmac, the Cgamma atom of the PSA residue is labeled as CA. In the PDB Validation Report this label is interpreted as Calpha causing geometrical alerts. ...詳細: In the standard definition used by Refmac, the Cgamma atom of the PSA residue is labeled as CA. In the PDB Validation Report this label is interpreted as Calpha causing geometrical alerts. These alerts are false and should be ignored. 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.365 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.99 % / 解説: plate
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein solution: 6.8 mg/mL protein with 1.2-fold molar excess (relative to dimeric protein) of Pro-0A1-Val-PSA-Ala-Met-Thr (inhibitor), 10 mM Tris buffer pH 7.4; Reservoir solution: 0.1 M ...詳細: Protein solution: 6.8 mg/mL protein with 1.2-fold molar excess (relative to dimeric protein) of Pro-0A1-Val-PSA-Ala-Met-Thr (inhibitor), 10 mM Tris buffer pH 7.4; Reservoir solution: 0.1 M imidazole buffer, 1.2 M sodium acetate;

結晶

マシュー密度: 2.365 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.99 % / 解説: plate

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution: 6.8 mg/mL protein with 1.2-fold molar excess (relative to dimeric protein) of Pro-0A1-Val-PSA-Ala-Met-Thr (inhibitor), 10 mM Tris buffer pH 7.4; Reservoir solution: 0.1 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月22日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si-111 crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.3 Å / Num. obs: 20007 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.02 % / B_iso Wilson estimate: 29.7 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 11.49
反射シェル	解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 3.67 % / R_merge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 3082 / CC_1/2: 0.969 / R_rim(I) all: 1.146 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0232	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3sqf, chain A

3sqf

解像度: 1.9→48.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 8.787 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23538	1001	5 %	RANDOM
R_work	0.19286	-	-	-
obs	0.19499	19004	99.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1 Å²	-0 Å²	-0.68 Å²
2-	-	0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→48.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1726	0	0	149	1875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.736	1.64	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.309	1.572	3882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.69	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.668	25.143	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.013	15	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.574	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.451	2.389	858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.391	2.383	857
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.794	3.514	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.802	3.523	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.83	2.689	915
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.828	2.691	915
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.398	3.941	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.293	28.581	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.234	28.223	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3110 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	B
2	A

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	68	-
R_work	0.35	1290	-
obs	-	-	91.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.16	0.8965	3.4328	6.3677	5.8763	7.598	0.0901	-0.0831	-0.1619	0.4158	-0.058	-0.3397	0.4413	0.0987	-0.0321	0.2302	0.0421	0.0039	0.0861	0.0677	0.1159	21.4764	-6.3922	21.2131
2	1.2391	0.0024	-0.6205	2.1437	1.2415	3.3461	0.0348	0.1259	-0.0427	0.1081	-0.2503	0.2793	0.1565	-0.3744	0.2154	0.2333	-0.0166	0.0485	0.1053	-0.0278	0.1466	6.0635	-1.7141	32.3504
3	2.7611	-0.7847	1.9428	0.2256	-0.551	1.3806	-0.1256	-0.0934	0.0547	0.0179	0.0471	-0.0062	-0.1517	-0.1049	0.0785	0.5054	0.0702	-0.0272	0.3336	-0.0616	0.3828	-2.959	8.6831	23.6275
4	6.545	-0.2252	3.0115	1.8435	-0.209	3.8663	-0.0299	-0.1114	0.258	0.2715	-0.1631	0.2399	-0.0244	-0.1963	0.1929	0.2737	-0.0214	0.0855	0.1059	-0.0433	0.1784	8.1526	2.3964	35.8454
5	1.7403	0.6913	-0.603	3.8518	0.7466	3.6157	-0.0409	-0.0383	0.046	0.2603	-0.0469	0.3385	0.0052	0.1217	0.0878	0.308	0.0072	0.0357	0.1378	0.007	0.158	12.7014	1.6019	27.7347
6	1.5012	-1.316	-1.9053	3.5333	0.5464	8.4447	-0.0277	0.1358	0.2558	0.1535	0.0425	-0.2609	-0.2112	-0.098	-0.0149	0.1207	-0.0244	-0.023	0.1838	0.0023	0.1256	26.4562	3.2188	21.1202
7	7.2004	-8.198	-0.5243	12.2204	3.792	3.5814	0.2129	0.1971	0.5291	-0.5583	-0.0364	-0.7234	-0.4003	0.2177	-0.1765	0.2649	-0.1339	0.0291	0.1171	0.0364	0.0691	23.7975	8.7354	21.0576
8	1.1309	1.3507	-0.2488	1.68	-0.5392	5.0882	0.1247	-0.0549	-0.0443	0.0981	-0.0538	-0.1518	-0.1624	-0.1394	-0.0709	0.17	-0.0077	0.0569	0.0075	0.0005	0.2142	18.4218	9.6008	7.2234
9	2.4078	0.0883	0.6827	0.0719	0.2453	1.2578	0.0116	0.0657	0.0799	0.0211	-0.0117	0.0464	-0.0652	-0.0754	0.0001	0.1702	0.0181	0.0305	0.0114	0.0134	0.1207	10.0699	3.8706	3.294
10	7.9975	-0.097	2.1037	0.0247	0.0005	0.6002	0.2377	-0.3418	-0.2908	0.0438	-0.0817	-0.0253	0.1256	-0.1943	-0.1559	0.1887	-0.2013	-0.0438	0.3328	0.1332	0.2016	1.9629	-6.1837	7.2856
11	3.4397	0.0585	-0.3567	0.8011	-0.2493	0.1266	-0.0071	-0.0637	-0.2142	-0.1391	0.0188	-0.0077	0.0093	-0.008	-0.0116	0.1715	0.0165	0.0227	0.0112	0.0142	0.1201	15.2445	1.0063	2.0295
12	1.571	-0.1737	0.1068	0.5788	1.3858	3.5678	0.0052	-0.3432	0.0727	-0.0006	0.117	-0.0488	0.1131	0.2202	-0.1221	0.211	0.0484	0.0152	0.1233	-0.0144	0.0821	20.274	1.0729	14.87

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	50 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	62 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	88 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	103 - 108
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 7
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	8 - 24
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	25 - 47
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	48 - 59
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	60 - 88
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	89 - 109

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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