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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rph | |||||||||
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タイトル | TR-SMX open state structure (10-15ms) of bacteriorhodopsin | |||||||||
要素 | Bacteriorhodopsinバクテリオロドプシン | |||||||||
キーワード | PROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / Retinal (レチナール) / time resolved crystallography / serial crystallography / SMX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Halobacterium salinarum (好塩性) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Weinert, T. / Skopintsev, P. / James, D. / Kekilli, D. / Furrer, A. / Bruenle, S. / Mous, S. / Nogly, P. / Standfuss, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Proton uptake mechanism in bacteriorhodopsin captured by serial synchrotron crystallography. 著者: Weinert, T. / Skopintsev, P. / James, D. / Dworkowski, F. / Panepucci, E. / Kekilli, D. / Furrer, A. / Brunle, S. / Mous, S. / Ozerov, D. / Nogly, P. / Wang, M. / Standfuss, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rph.cif.gz | 162.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rph.ent.gz | 115.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rph.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/6rph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/6rph | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26254.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (好塩性) 株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 参照: UniProt: P02945 |
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#2: 化合物 | ChemComp-RET / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6 / 詳細: 100 mM Na/K Phosphate buffer pH 5.6 30 % PEG 2000 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | Entry-ID: 6RPH
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反射 シェル |
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Serial crystallography sample delivery |
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Serial crystallography sample delivery injection |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→31 Å / SU ML: 0.5951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 52.0519
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 17.3727838803 Å / Origin y: 39.5874483686 Å / Origin z: 36.1591924597 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |