+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rlu | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Trypanosoma brucei Seryl-tRNA Synthetase in Complex with 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)cytidine | ||||||||||||
要素 | Seryl-tRNA synthetase, putative | ||||||||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Coil-coil / Beta barrel (Βバレル) / tRNA synthetase (アミノアシルtRNA合成酵素) / Inhibitor / Complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pang, L. / De Graef, S. / Strelkov, S.V. / Weeks, S.D. | ||||||||||||
資金援助 | ベルギー, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: Structural Insights into the Binding of Natural Pyrimidine-Based Inhibitors of Class II Aminoacyl-tRNA Synthetases. 著者: Pang, L. / Nautiyal, M. / De Graef, S. / Gadakh, B. / Zorzini, V. / Economou, A. / Strelkov, S.V. / Van Aerschot, A. / Weeks, S.D. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rlu.cif.gz | 383.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6rlu.ent.gz | 311.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rlu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rlu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rlu | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 6hdzC 6he1C 6he3C 6hhvC 6hhwC 6hhxC 6hhyC 6hhzC 6hi0C 6rltC 6rlvC 6s30C 6sjcC 3lsqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 53923.203 Da / 分子数: 2 / 断片: Seryl-tRNA synthetase / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ) 遺伝子: TbgDal_XI8110 / プラスミド: pETRUK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: D0A7P1, セリンtRNAリガーゼ |
---|
-非ポリマー , 5種, 792分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MLI / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.45 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Holo protein at 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 5% (v/v) glycerol was mixed with 2.4 M sodium malonate pH 7.0, 100 mM Bis-tris propane pH 7.0 in a 2:1 (v/v) ratio. ...詳細: Holo protein at 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 5% (v/v) glycerol was mixed with 2.4 M sodium malonate pH 7.0, 100 mM Bis-tris propane pH 7.0 in a 2:1 (v/v) ratio. Suitable crystals were soaked with 2 mM 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)cytidine in t crystallization solution containing a 22% v/v glycerol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54179 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年4月5日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.88→96.38 Å / Num. obs: 121071 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 25.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 1319265 / Scaling rejects: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LSQ 解像度: 1.88→27.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.094
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 113.15 Å2 / Biso mean: 30.33 Å2 / Biso min: 13.3 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.88→27.57 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.88→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|