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万見
- PDB-6rcx: Mycobacterial 4'-phosphopantetheinyl transferase PptAb in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rcx
タイトルMycobacterial 4'-phosphopantetheinyl transferase PptAb in complex with the ACP domain of PpsC.
要素
  • Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
  • Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSPORT PROTEIN / TRANSFERASE-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


(phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / enterobactin synthetase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / enterobactin biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity ...(phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / enterobactin synthetase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / enterobactin biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Enterobactin synthetase-like, component D / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase N-terminal domain / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / : ...Enterobactin synthetase-like, component D / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase N-terminal domain / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / 補酵素A / : / Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase / Phenolphthiocerol/phthiocerol polyketide synthase subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus ATCC 19977 (バクテリア)
Mycobacterium abscessus ATCC 19977 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nguyen, M.C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
European Union (EU)10559 フランス
French National Research AgencyANR-16-CE18-0011-01 フランス
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Conformational flexibility of coenzyme A and its impact on the post-translational modification of acyl carrier proteins by 4'-phosphopantetheinyl transferases.
著者: Nguyen, M.C. / Saurel, O. / Carivenc, C. / Gavalda, S. / Saitta, S. / Tran, M.P. / Milon, A. / Chalut, C. / Guilhot, C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
B: Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2937
ポリマ－42,2242
非ポリマー1,0695
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13070 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.142, 63.167, 108.459
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase


分子量: 25432.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus ATCC 19977 (バクテリア)
遺伝子: MAB_3117c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MD73
#2: タンパク質 Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC / Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I


分子量: 16791.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ACP fragment from position 2056 to 2188 mutation S2105A
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus ATCC 19977 (バクテリア)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ppsC, Rv2933 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P96202, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

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非ポリマー , 4種, 149分子

#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン / カコジル酸


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6AsO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Na Cacodylate 30 % PEG 8K 0.2 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.15 Å / Num. obs: 23870 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / Num. unique obs: 12069 / CC1/2: 0.929

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHASER位相決定
TRUNCATEデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4u89

4u89


解像度: 2→41.15 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 3214 7.21 %
Rwork0.2058 --
obs0.2084 23853 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.45 Å2 / Biso mean: 50.3859 Å2 / Biso min: 22.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→41.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2239 0 56 144 2439
Biso mean--51.78 47.57 -
残基数----292
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0001-2.02990.34291380.3157175598
2.0299-2.06160.31821420.3098182199
2.0616-2.09540.32081420.28511780100
2.0954-2.13160.33091370.2745181699
2.1316-2.17030.31611450.2841181899
2.1703-2.21210.32131370.2881175399
2.2121-2.25720.2661380.293182399
2.2572-2.30630.36981390.2835180499
2.3063-2.360.36631390.2915181199
2.36-2.4190.33941390.2884178199
2.419-2.48440.34111400.2932179099
2.4844-2.55750.31861400.2627178099
2.5575-2.640.32311410.2421182499
2.64-2.73440.29471350.2281781100
2.7344-2.84380.28241350.23321826100
2.8438-2.97320.24261380.21811811100
2.9732-3.12990.22391410.2077181199
3.1299-3.3260.28231370.2064180599
3.326-3.58270.21141360.17841820100
3.5827-3.94310.1951440.16181781100
3.9431-4.51320.19531470.14571819100
4.5132-5.68440.19411390.1513179199
5.6844-41.150.18931450.1757178599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.54715.163-5.55513.5329-3.80084.0895-0.0122.59211.4986-2.45650.12060.1441-2.2422-1.3125-0.15161.16650.0109-0.01640.76740.15990.4516-9.542823.3365-30.1903
21.51410.3401-0.07663.0265-0.24382.38730.1174-0.11160.22680.3-0.1590.0463-0.4015-0.00150.01660.3338-0.00980.01150.2655-0.0010.2706-3.855722.4481-16.272
33.4493-0.1214-0.76153.30290.13576.29020.0833-0.0675-0.070.0837-0.08980.2950.0715-0.43080.03880.1429-0.00780.00360.2506-0.00690.2819-16.21527.8174-18.4449
41.43623.21440.30868.9809-3.4579.85340.7241-0.1116-0.5380.3904-0.3977-0.84111.18331.7249-0.29520.54210.0695-0.10840.5872-0.12130.583812.92030.5866-9.0365
59.0519-1.20045.64067.515-2.66767.68770.3354-0.0062-0.13270.21290.0424-0.05850.5097-0.1394-0.32930.4392-0.0338-0.00850.3146-0.00030.23834.3053.9474-10.553
65.27265.7983-0.42819.51910.51660.34641.1015-0.1323-0.70070.2922-0.06250.79871.3051-1.3323-0.96210.9328-0.1869-0.28840.73050.16240.68021.6714-1.059-3.7377
76.69794.09415.29525.35383.31575.44960.74780.5448-0.68410.75170.06070.3017-0.5855-0.4965-0.60161.5767-0.5608-0.09350.98680.23891.01621.9995-7.46682.9083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 8 )A4 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 9 through 123 )A9 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 220 )A124 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 30 through 52 )B30 - 52
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 53 through 75 )B53 - 75
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 76 through 100 )B76 - 100
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 101 through 104 )B101 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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