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Yorodumi- PDB-6qyf: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptAb from Mycobacterium absce... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qyf | |||||||||
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Title | 4'-phosphopantetheinyl transferase PptAb from Mycobacterium abscessus at pH 4.6 with Mg2+ and CoA. | |||||||||
Components | Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycobacteroides abscessus ATCC 19977 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4 Å | |||||||||
Authors | Nguyen, M.C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D. | |||||||||
Funding support | Netherlands, France, 2items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2020 Title: Conformational flexibility of coenzyme A and its impact on the post-translational modification of acyl carrier proteins by 4'-phosphopantetheinyl transferases. Authors: Nguyen, M.C. / Saurel, O. / Carivenc, C. / Gavalda, S. / Saitta, S. / Tran, M.P. / Milon, A. / Chalut, C. / Guilhot, C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qyf.cif.gz | 153.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qyf.ent.gz | 120.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qyf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/6qyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/6qyf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6qwuC 6qxqC 6qxrC 6qygC 6rcxC 4u89S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25432.062 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacteroides abscessus ATCC 19977 (bacteria) Gene: MAB_3117c / Plasmid: pET26b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B1MD73 |
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#2: Chemical | ChemComp-COA / |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 / Details: 0.1 M Na acetate 30 % PEG 4K 0.2 M NH4 acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.9677 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 15, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9677 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→28 Å / Num. obs: 56325 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 4954 / CC1/2: 0.956 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4U89 Resolution: 1.4→28 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.39
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 84.87 Å2 / Biso mean: 22.2698 Å2 / Biso min: 8.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.4→28 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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