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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r8k | ||||||||||||||||||
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タイトル | Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-PikD with an engineered HMA domain of Pikp-1 from rice (Oryza sativa) | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / NLR / Complex / HMA / Rice blast (イネいもち病菌) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 defense response to other organism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Oryza sativa subsp. japonica (イネ) Magnaporthe oryzae (イネいもち病菌) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | De la Concepcion, J.C. / Franceschetti, M. / Banfield, M.J. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 日本, 5件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Protein engineering expands the effector recognition profile of a rice NLR immune receptor. 著者: De la Concepcion, J.C. / Franceschetti, M. / MacLean, D. / Terauchi, R. / Kamoun, S. / Banfield, M.J. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019 タイトル: Protein engineering expands the effector recognition profile of a rice NLR immune receptor 著者: De la Concepcion, J.C. / Franceschetti, M. / Terauchi, R. / Kamoun, S. / Banfield, M.J. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r8k.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6r8k.ent.gz | 33.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6r8k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/6r8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/6r8k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8388.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) 遺伝子: Pi-km1, Pikh-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5L9G5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10827.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (イネいもち病菌) 遺伝子: AVR-Pik, AvrPik, Pikm, Pikp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4B8B8 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.12M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol, 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol, 0.2M 2- Propanol, 0.2M 1,4-Butanediol, 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1M Buffer system 1 (1M Imidazole, MES monohydrate ...詳細: 0.12M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol, 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol, 0.2M 2- Propanol, 0.2M 1,4-Butanediol, 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1M Buffer system 1 (1M Imidazole, MES monohydrate (acid)) pH 6.5, 50% v/v Precipitant mix 4 (25%v/v MPD, 25%v/v PEG 1000, 25%v/v PEG3350) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→32.8 Å / Num. obs: 20294 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.971 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 978 / CC1/2: 0.866 / Rpim(I) all: 0.38 / Rrim(I) all: 1.01 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6G10 解像度: 1.6→32.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.987 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.1029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.102 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.56 Å2 / Biso mean: 25.609 Å2 / Biso min: 13.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→32.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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