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- PDB-6r7w: Tannerella forsythia mature mirolysin in complex with a cleaved p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r7w
タイトルTannerella forsythia mature mirolysin in complex with a cleaved peptide.
要素
  • Mirolysin
  • Putative lipoproteinリポタンパク質
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / metallopeptidase zymogen / metzincin / pappalysin family / Tannerella forsythia / periodontopathogen / periodontal disease (歯周病)
機能・相同性
機能・相同性情報


metallopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M43, pregnancy-associated plasma-A / パパリシン-1 / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / エタノール / Mirolysin / Karilysin / Putative lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Tannerella forsythia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Rodriguez-Banqueri, A. / Guevara, T. / Ksiazek, M. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
引用
ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Structure-based mechanism of cysteine-switch latency and of catalysis by pappalysin-family metallopeptidases.
著者: Guevara, T. / Rodriguez-Banqueri, A. / Ksiazek, M. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
#1: ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2017
タイトル: Mirolysin, a LysargiNase from Tannerella forsythia, proteolytically inactivates the human cathelicidin, LL-37.
著者: Koneru, L. / Ksiazek, M. / Waligorska, I. / Straczek, A. / Lukasik, M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Potempa, J.
履歴
登録2019年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mirolysin
B: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1298
ポリマ－32,6992
非ポリマー4306
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area12560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.610, 66.490, 96.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mirolysin


分子量: 30987.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mature mirolysin spanning segment R55-S331.
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7IPS1, UniProt: G8ULV1*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Putative lipoprotein / リポタンパク質


分子量: 1712.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The citrate molecule mimics an amino acid left behind after substrate cleavage and was thus assigned the residue number -1.
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (strain ATCC 43037 / JCM 10827 / FDC 338) (バクテリア)
株: ATCC 43037 / JCM 10827 / FDC 338 / 遺伝子: BFO_2662 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8ULV2

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非ポリマー , 5種, 354分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル / エタノール


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals of the mirolysin product complex were obtained at an OD280 of 19.7 in 5 mM Tris-HCl pH 8.0, 50 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride at 4 degrees from drops containing 200 nL of ...詳細: Crystals of the mirolysin product complex were obtained at an OD280 of 19.7 in 5 mM Tris-HCl pH 8.0, 50 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride at 4 degrees from drops containing 200 nL of protein solution and 100 nL of reservoir solution, which comprised 40% ethanol, 5% PEG 1000, 0.1 M phosphate-citrate buffer, pH 4.2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→54.7 Å / Num. obs: 41508 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 41.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Num. unique obs: 6056

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6R7V

6r7v


解像度: 1.5→54.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU R Cruickshank DPI: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.071 / SU Rfree Blow DPI: 0.065 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.061
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.158 728 1.75 %RANDOM
Rwork0.144 ---
obs0.144 41508 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7513 Å20 Å20 Å2
2--1.988 Å20 Å2
3----0.2368 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→54.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2239 0 22 348 2609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012383HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.023249HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1115SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes434HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2383HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion317SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3172SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / Total num. of bins used: 36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1878 -1.73 %
Rwork0.1491 1133 -
all0.1496 1153 -
obs--78.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4564-0.18380.24890.65-0.24970.7431-0.03360.02750.02010.0963-0.0197-0.0998-0.09860.07080.0533-0.0262-0.005-0.018-0.0280.005-0-1.40751.6111-17.4249
20-0.3663-0.30910.4316-0.64791.5975-0.00970.06450.0194-0.05880.0099-0.1094-0.1081-0.0022-0.00010.0047-0.0222-0.0044-0.0042-0.00120.0028-9.417512.5728-33.6086
30.39920.02370.24510.4004-0.25290.905-0.0101-0.0503-0.01730.06890.0063-0.0276-0.0368-0.01840.0038-0.00950.0028-0.007-0.02420.0027-0.0121-8.8183-2.1844-13.4177
40.6098-0.16230.12040.5549-0.0760.7129-0.01620.0261-0.0213-0.03130.01950.0347-0.0257-0.0769-0.0033-0.0038-0.00050.0032-0.00850.0036-0.0052-20.47694.2224-32.3335
54.2688-0.98470.22851.8175-0.52682.2832-0.1212-0.35940.30040.24960.0365-0.0972-0.408-0.0910.08470.08890.0302-0.0417-0.0482-0.0332-0.0494-9.84715.7649-7.3134
61.8742-0.9024-1.278110.58522.44582.3191-0.07940.1608-0.3795-0.4562-0.1076-0.05510.1187-0.24240.187-0.0142-0.04540.0144-0.0407-0.03310.0243-13.602-17.8897-30.4762
71.6748-3.78610.56780.746-1.53280.6369-0.0224-0.4765-0.01430.15430.0088-0.07470.5015-0.02210.01360.012-0.01360.00510.00740.01360.0091-18.8111-5.1651-20.6795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|58 - 95}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|96 - 117}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|118 - 234 A|999 - 999}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|235 - 307 A|997 - 998}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|308 - 327}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|1 - 14}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|-1 - -1}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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