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Yorodumi- PDB-4efz: Crystal Structure of a hypothetical metallo-beta-lactamase from B... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4efz | ||||||
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Title | Crystal Structure of a hypothetical metallo-beta-lactamase from Burkholderia pseudomallei | ||||||
Components | Metallo-beta-lactamase family protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Burkholderia pseudomallei (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal Structure of a hypothetical metallo-beta-lactamase from Burkholderia pseudomallei Authors: Fairman, J.W. / Craig, T.K. / Staker, B.L. / Stewart, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4efz.cif.gz | 242.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4efz.ent.gz | 195.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4efz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/4efz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/4efz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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Details | AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKOWN |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 32429.666 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia pseudomallei (bacteria) / Strain: 1710b / Gene: BURPS1710b_2304 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q3JRV4 |
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-Non-polymers , 6 types, 526 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 2 M ammonium sulfate, 100 mM BIS-TRIS pH 6.50, 20 mg/mL BupsA.15999.a.A1 PS00414, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 9, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. all: 84994 / Num. obs: 83635 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.509 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 27.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6→41.757 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.8761 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.27 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.856 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.84 Å2 / Biso mean: 24.0045 Å2 / Biso min: 10.33 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→41.757 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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