PDB-6r7v: Tannerella forsythia promirolysin mutant E225A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r7v

タイトル

Tannerella forsythia promirolysin mutant E225A

要素

Mirolysin

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / metallopeptidase zymogen / metzincin / pappalysin family /

Tannerella forsythia / periodontopathogen /

periodontal disease (歯周病)

機能・相同性

機能・相同性情報

metallopeptidase activity /

タンパク質分解 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Rodriguez-Banqueri, A. / Guevara, T. / Ksiazek, M. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Structure-based mechanism of cysteine-switch latency and of catalysis by pappalysin-family metallopeptidases.
著者: Guevara, T. / Rodriguez-Banqueri, A. / Ksiazek, M. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.

履歴

登録	2019年3月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r7v.cif.gz	145 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r7v.ent.gz	112.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r7v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/6r7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/6r7v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r7uSC 6r7wC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6r7u-1 1ov4-d 6r7u-2 6ryk-d 4y9p-2 6cjg-d 2oze-d 1w2f-1 2hv6-1 2p0y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mirolysin

ヘテロ分子

35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.330, 67.250, 79.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mirolysin 分子量: 35375.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Extra N-terminal residues glycine-proline result from the cloning strategy. 由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7IPS1, UniProt: G8ULV1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Promirolysin crystals were obtained at 20 degrees from drops containing 200 nL of protein solution at 0.6 mg/mL in 5 mM Tris-HCl pH 8.0, 50 mM sodium chloride and 100 nL of reservoir ...詳細: Promirolysin crystals were obtained at 20 degrees from drops containing 200 nL of protein solution at 0.6 mg/mL in 5 mM Tris-HCl pH 8.0, 50 mM sodium chloride and 100 nL of reservoir solution, which comprised 25% PEG 1500, 0.1 M MIB buffer (malonic acid, imidazole and boric acid at a 2:3:3 molar ratio), pH 6.0.

結晶

マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.34 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Promirolysin crystals were obtained at 20 degrees from drops containing 200 nL of protein solution at 0.6 mg/mL in 5 mM Tris-HCl pH 8.0, 50 mM sodium chloride and 100 nL of reservoir ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.2816 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2816 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→51.4 Å / Num. obs: 50157 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.77 Å² / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 7077

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6R7U

6r7u

解像度: 1.4→20.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU R Cruickshank DPI: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.064 / SU R_free Blow DPI: 0.065 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.062

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.188	722	1.44 %	RANDOM
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.161	50134	98.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.731 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2615 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4696 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.16 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→20.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2430	0	27	274	2731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2565	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.01	3492	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1206	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		466	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2565	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.38
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.8
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		340	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		11	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance		2	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3293	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.42 Å / Total num. of bins used: 36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	-	1.22 %
R_work	0.3006	1376	-
all	0.3001	1393	-
obs	-	-	84.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2864	-0.6914	-0.9856	2.8088	1.1727	2.2778	0.1374	0.1035	0.1457	-0.4668	0.1033	-0.4104	-0.0799	0.1326	-0.2407	0.1385	-0.0009	0.0481	0.1295	-0.0109	0.2177	52.0987	31.8864	8.0495
2	0.4331	0.3884	-0.0107	1.6834	0.1699	0.6977	-0.0327	-0.0384	0.0592	-0.0314	-0.0133	0.1995	-0.0008	-0.0751	0.046	-0.0946	-0.0072	-0.0067	-0.0553	-0.0003	-0.04	27.7924	36.8171	18.4563
3	0.3723	0.3085	0.5675	1.8516	0.0036	1.0222	0.029	-0.158	0.1997	0.1498	-0.0255	-0.036	-0.0582	0.0114	-0.0035	-0.0043	0.0008	-0.0129	0.0216	-0.0148	-0.0328	42.9107	46.707	29.5161
4	0.7997	0.3503	0.2857	0.7028	0.0484	0.8535	-0.0216	0.0433	-0.0864	-0.052	0.0349	-0.0087	0.084	-0.0516	-0.0133	0.014	-0.0131	0.0025	0.0198	-0.0021	0.0187	31.6731	30.8645	13.3424
5	1.0021	0.0921	0.3565	1.8834	-0.2921	1.0395	0.0593	-0.0311	-0.1273	0.1631	-0.009	-0.281	0.0044	0.0364	-0.0503	-0.0256	-0.0077	-0.034	-0.0325	0.0042	0.0317	50.3146	36.0935	25.6427
6	7.0279	1.9704	0.192	2.8083	-0.6345	2.5085	-0.2521	0.4669	0.69	-0.3648	0.1933	0.1914	-0.2715	0.039	0.0588	0.2343	-0.0559	-0.0454	0.1626	0.0599	0.095	32.6218	47.6102	4.727

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|21 - 56}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|57 - 95}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|96 - 117}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|118 - 234 A\|999 - 999}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|235 - 307 A\|997 - 998}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|308 - 327}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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