PDB-6qw3: Calcium-bound gelsolin domain 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qw3

タイトル

Calcium-bound gelsolin domain 2

要素

Gelsolin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

amyloidosis (アミロイドーシス) /

gelsolin / actin-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering /

renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Scalone, E. / Boni, F. / Milani, M. / Mastrangelo, E. / de Rosa, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: High-resolution crystal structure of gelsolin domain 2 in complex with the physiological calcium ion.
著者: Bollati, M. / Scalone, E. / Boni, F. / Mastrangelo, E. / Giorgino, T. / Milani, M. / de Rosa, M.

履歴

登録	2019年3月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qw3.cif.gz	66.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qw3.ent.gz	47.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/6qw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/6qw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kcqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3aqz-2 6ogq-d 6l2a-d 5n2l-4 3a1g-1 4ijh-d 6zs3-1 2lmc-d 5bpq-4 6u26-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (8) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gelsolin

ヘテロ分子

13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.653, 50.275, 70.819
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-434- HOH
2	1	A-458- HOH
3	1	A-514- HOH

#1: タンパク質	Gelsolin / / AGEL / Actin-depolymerizing factor / ADF / Brevin 分子量: 13166.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: gelsolin domain 2 (G2) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06396
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 36% PEG5000 MME, 0.1M Sodium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→70.82 Å / Num. obs: 24096 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.764 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1103 / CC_1/2: 0.579 / R_pim(I) all: 0.409 / R_rim(I) all: 0.874 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KCQ

1kcq

解像度: 1.3→40.995 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.75

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1739	1999	8.31 %	10%
R_work	0.1538	-	-	-
obs	0.1556	24046	99.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→40.995 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	850	0	1	150	1001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	975
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.469	1337
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	29.627	404
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.108	142
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	184

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3002-1.3327	0.2662	134	0.2402	1480	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3327-1.3687	0.2594	136	0.2243	1503	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3687-1.409	0.2433	143	0.2039	1573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.409-1.4545	0.2061	139	0.1923	1543	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4545-1.5065	0.1752	141	0.171	1559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5065-1.5668	0.2184	143	0.1606	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5668-1.6381	0.1792	141	0.1608	1558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6381-1.7244	0.182	143	0.154	1568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7244-1.8325	0.1825	142	0.1536	1571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8325-1.974	0.1728	144	0.1586	1585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.974-2.1726	0.1711	144	0.1433	1586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1726-2.487	0.159	146	0.1468	1603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.487-3.1331	0.1893	147	0.1559	1623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1331-41.0153	0.152	156	0.1391	1723	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0489	-1.1561	-0.7295	4.9124	0.804	5.2048	0.1818	0.2687	0.012	-0.5127	-0.1501	-0.117	-0.2102	-0.1084	-0.0714	0.1203	-0.0133	0	0.0969	0.0167	0.0985	11.4678	15.9503	0.7136
2	0.3497	-0.2755	-0.3383	2.7919	0.8435	2.2714	-0.0069	-0.0235	-0.0283	0.1135	-0.0278	0.0947	-0.0085	-0.0472	0.0262	0.0998	0.0004	0.0001	0.1229	-0.0049	0.1248	10.1823	14.4944	9.331
3	0.8996	0.5783	-0.2259	6.8313	1.0138	1.559	-0.0182	-0.0186	-0.0899	-0.23	0.0844	-0.5525	-0.0542	0.1803	-0.0668	0.1081	-0.005	0.0053	0.165	-0.0185	0.1533	21.3705	16.5733	4.1244
4	3.405	1.6831	1.0184	3.5843	1.3735	2.028	-0.025	-0.1367	0.243	0.3891	0.0328	-0.0786	-0.4846	0.1949	0.024	0.3136	-0.0581	-0.0213	0.1795	-0.0148	0.1532	17.7186	32.6611	8.5774
5	8.8129	4.1649	-0.8379	5.5805	-2.8583	7.7004	0.1451	-0.404	-0.2111	0.4328	-0.1473	-0.3668	-0.1889	0.4076	0.0095	0.0998	-0.0073	-0.0318	0.1663	0.0012	0.0786	16.8393	18.9931	15.7504
6	5.1112	0.4733	1.3056	9.5409	3.122	6.8897	0.2062	-0.253	-0.3656	0.2316	-0.2313	0.0558	1.0992	-0.1257	0.046	0.3295	-0.041	-0.0075	0.2232	0.0304	0.1788	10.7249	11.608	18.596
7	8.5058	0.162	6.2561	1.4241	-2.2526	8.6335	-0.0362	-0.5525	0.0876	0.3326	-0.117	0.2091	-0.4111	-0.6752	0.1708	0.1761	0.0075	0.0359	0.1907	-0.008	0.1707	5.5237	19.1776	18.5173
8	1.0002	-1.259	-1.1992	1.7384	1.3858	1.6144	-0.1956	0.0391	-0.2098	0.2153	-0.0495	0.3513	0.2584	-0.2084	0.2717	0.1588	-0.0105	0.0397	0.1866	0.0006	0.2157	3.8725	6.5485	11.3806
9	2.2322	-0.0911	-0.469	0.6519	-1.145	2.1933	-0.0322	0.2753	0.0652	-0.344	0.0903	0.004	-0.4622	0.0239	-0.0543	0.2588	-0.0293	0.0015	0.1739	-0.0065	0.1297	13.5512	3.9839	-9.3797

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 158 through 176 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 177 through 206 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 207 through 223 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 224 through 229 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 230 through 235 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 236 through 240 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 241 through 247 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 248 through 257 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 258 through 266 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)