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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qhk | |||||||||
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タイトル | PAO-linked dimer of the catalytic domain of the human ubiquitin-conjugating enzyme UBE2S | |||||||||
要素 | Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / human E2 / catalytic domain / PAO | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein K29-linked ubiquitination / protein K27-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C ...protein K29-linked ubiquitination / protein K27-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / protein K6-linked ubiquitination / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / exit from mitosis / protein K11-linked ubiquitination / ユビキチン結合酵素 / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / Transcriptional Regulation by VENTX / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / protein modification process / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / protein polyubiquitination / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 細胞分裂 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | |||||||||
データ登録者 | Liess, A.K.L. / Lorenz, S. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: Autoinhibition Mechanism of the Ubiquitin-Conjugating Enzyme UBE2S by Autoubiquitination. 著者: Liess, A.K.L. / Kucerova, A. / Schweimer, K. / Yu, L. / Roumeliotis, T.I. / Diebold, M. / Dybkov, O. / Sotriffer, C. / Urlaub, H. / Choudhary, J.S. / Mansfeld, J. / Lorenz, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qhk.cif.gz | 177.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qhk.ent.gz | 143.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qhk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/6qhk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/6qhk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17388.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2S, E2EPF, OK/SW-cl.73 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16763, ユビキチン結合酵素 #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PA0 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1 mM TCEP, 11.74 mg/ml PAO, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 30% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.968 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→19.417 Å / Num. obs: 23393 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 32.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.02321 / Rpim(I) all: 0.02321 / Rrim(I) all: 0.03282 / Net I/σ(I): 20.05 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique obs: 2317 / CC1/2: 0.787 / Rpim(I) all: 0.281 / Rrim(I) all: 0.3973 / % possible all: 99.44 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ZDN 解像度: 1.96→19.417 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.78
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→19.417 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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