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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nyo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a human Cdc34-ubiquitin thioester mimetic | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE/TRANSFERASE / CONFORMATIONAL CHANGE (コンフォメーション変化) / THIOESTER (チオエステル) / ADENYLATION (アデニリル化) / THIOESTER TRANSFER / TRANSTHIOESTERIFICATION / ATP-BINDING / UBIQUITIN E2-BINDING / UBIQUITINATION (ユビキチン) / LIGASE (リガーゼ) / LIGASE-TRANSFERASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ユビキチン結合酵素 / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / ribosomal large subunit export from nucleus / protein K48-linked ubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ribosomal large subunit assembly / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / protein tag activity ...ユビキチン結合酵素 / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / ribosomal large subunit export from nucleus / protein K48-linked ubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ribosomal large subunit assembly / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / protein tag activity / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / リボソーム生合成 / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.502 Å | ||||||
データ登録者 | Olsen, S.K. / Williams, K.M. / Atkison, J.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structural insights into E1 recognition and the ubiquitin-conjugating activity of the E2 enzyme Cdc34. 著者: Williams, K.M. / Qie, S. / Atkison, J.H. / Salazar-Arango, S. / Alan Diehl, J. / Olsen, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nyo.cif.gz | 134.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nyo.ent.gz | 102.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nyo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6nyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6nyo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AE
#1: タンパク質 | 分子量: 23166.207 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-202 / 変異: C93K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2R2, CDC34B, UBC3B / プラスミド: pET29NTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q712K3, ユビキチン結合酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10740.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: P0CH08*PLUS |
-非ポリマー , 4種, 324分子
#3: 化合物 | ChemComp-U94 / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.17 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.03 M potassium dihydrogen phosphate, 23% PEG 8,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 48439 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.67 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.976 / CC1/2: 0.582 / Rpim(I) all: 0.464 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4MDK 解像度: 1.502→41.784 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.12
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.502→41.784 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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