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- PDB-6q55: Crystal structure of Cryptosporidium hominis CPSF3 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q55
タイトルCrystal structure of Cryptosporidium hominis CPSF3 in complex with Compound 61
要素Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor 3 (CPSF3)
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / mRNA processing factor / metallo-beta-lactamase / beta-CASP / oxaborole-inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


転写後修飾 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Rossmann fold - #10890 / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily ...Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Rossmann fold - #10890 / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HJB / 2-プロパノール / Cleavage and polyadenylation specificity factor
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium hominis TU502 (ヒトクリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Palencia, A. / Swale, C.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
European CommissioniNEXT Grant 653706 フランス
French National Research AgencyANR-11-LABX- 0024 Parafrap フランス
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2019
タイトル: Metal-captured inhibition of pre-mRNA processing activity by CPSF3 controls Cryptosporidium infection.
著者: Swale, C. / Bougdour, A. / Gnahoui-David, A. / Tottey, J. / Georgeault, S. / Laurent, F. / Palencia, A. / Hakimi, M.A.
履歴
登録2018年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor 3 (CPSF3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,11315
ポリマ－54,0101
非ポリマー1,10314
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.670, 90.670, 237.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-785-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor 3 (CPSF3)


分子量: 54010.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis TU502 (ヒトクリプトスポリジウム)
遺伝子: CHUDEA8_460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL Codon plus / 参照: UniProt: A0A0S4TJL4

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非ポリマー , 6種, 228分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-HJB / 3-[7,7-bis(oxidanyl)-8-oxa-7-boranuidabicyclo[4.3.0]nona-1(6),2,4-trien-5-yl]propanoic acid


分子量: 223.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12BO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % / 解説: 3D needles
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17% (v/v) Poly Ethylene Glycol 4000, 10% (v/v) Isopropanol, 100 mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月18日
放射モノクロメーター: na / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→60 Å / Num. obs: 39853 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.13 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2893 / CC1/2: 0.26 / Rrim(I) all: 0.25 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model based on 2I7V

2i7v


解像度: 2→47.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 5.374 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22244 1979 5 %RANDOM
Rwork0.18131 ---
obs0.18335 37874 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.384 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20.22 Å20 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3613 0 66 214 3893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0143788
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.6675131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8831.6548155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9925478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.76321.789190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.215652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9891526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9994.7981861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9814.7961860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9677.1892329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.9767.1922330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1255.291927
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1065.291927
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.6927.6992794
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.82657.1114179
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.82657.1224180
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 119 -
Rwork0.353 2772 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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