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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6psa | ||||||
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タイトル | PIE12 D-PEPTIDE AGAINST HIV ENTRY (IN COMPLEX WITH IQN17 Q577R RESISTANCE MUTANT) | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR (ウイルス性) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / HELIX (螺旋) / HIV ENTRY INHIBITOR / IQN17 PIE12 / D-PEPTIDE INHIBITOR / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis and processing of ENV and VPU / protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / evasion of host immune response / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / Oxidative Stress Induced Senescence ...Synthesis and processing of ENV and VPU / protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / evasion of host immune response / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / Oxidative Stress Induced Senescence / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / Alpha-defensins / Dectin-2 family / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / amino acid biosynthetic process / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / cellular response to amino acid starvation / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / viral protein processing / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / symbiont entry into host cell / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / chromatin binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hill, C.P. / Whitby, F.G. / Kay, M. / Weinstock, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Retrovirology / 年: 2019 タイトル: Characterization of resistance to a potent D-peptide HIV entry inhibitor. 著者: Smith, A.R. / Weinstock, M.T. / Siglin, A.E. / Whitby, F.G. / Francis, J.N. / Hill, C.P. / Eckert, D.M. / Root, M.J. / Kay, M.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6psa.cif.gz | 49.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6psa.ent.gz | 40.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6psa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/6psa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/6psa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: Polypeptide(D) | 分子量: 2029.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5542.534 Da / 分子数: 1 Fragment: GP41 HYDROPHOBIC POCKET, RESIDUES 565-581, GCN4, RESIDUES 249-276 Mutation: Q577R / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (合成) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P03069, UniProt: P04578 | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.01 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: HAMPTON RESEARCH SALT RX SCREEN, CONDITION B4 - 1.8M AMMONIUM CITRATE DIBASIC, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, PH 4.6 Temp details: K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97591 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月19日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97591 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 14574 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 26.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→13.21 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.07
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.13 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / Bsol: 66.47 Å2 / ksol: 0.56 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→13.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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