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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ph0 | ||||||
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タイトル | T4 lysozyme pseudo-wild type soaked in TEMPO | ||||||
![]() | Endolysin![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuneo, M.J. / Myles, D.A. / Li, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Making hydrogens stand out: Enhanced neutron diffraction from biological crystals using dynamic nuclear polarization 著者: Pierce, J. / Myles, D.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 18628.363 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: e, T4Tp126 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-HED / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.05 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 2.0M Na/K Phosphate, 250mM NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年1月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.947→20 Å / Num. obs: 14827 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 21.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Χ2: 1.144 / Net I/av σ(I): 11.5 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5VNR 解像度: 1.947→19.527 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.27
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.91 Å2 / Biso mean: 21.8984 Å2 / Biso min: 11.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.947→19.527 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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