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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ozf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (D110N) in complex with a 12mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Nucleic acid hydrolysis / RNA recognition / metal ion dependent catalysis / DNA damage (DNA修復) / adenosine deamination | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxyribonuclease V / deoxyribonuclease V activity / RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / single-stranded RNA binding / DNA修復 / magnesium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Samara, N.L. / Yang, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019 タイトル: Evolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase. 著者: Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ozf.cif.gz | 234.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ozf.ent.gz | 184.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ozf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6ozeC 6ozgC 6ozhC 6oziC 6ozjC 6ozkC 6ozlC 6ozmC 6oznC 6ozoC 6ozpC 6ozqC 6ozrC 6ozsC 2w35S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 25634.957 Da / 分子数: 2 / 変異: D110N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: nfi, TM_1865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X2H9, deoxyribonuclease V #2: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 3727.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 6種, 341分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M calcium acetate, 10% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月3日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 47534 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 2329 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2W35 解像度: 1.8→28.093 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.4
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.093 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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