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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ox4 | ||||||
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タイトル | A SETD3 Mutant (N255A) in Complex with an Actin Peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-histidine N-methyltransferase / peptidyl-histidine methylation / regulation of uterine smooth muscle contraction / protein-L-histidine N-tele-methyltransferase activity / actin modification / positive regulation of norepinephrine uptake / cellular response to cytochalasin B / bBAF complex / npBAF complex / postsynaptic actin cytoskeleton organization ...protein-histidine N-methyltransferase / peptidyl-histidine methylation / regulation of uterine smooth muscle contraction / protein-L-histidine N-tele-methyltransferase activity / actin modification / positive regulation of norepinephrine uptake / cellular response to cytochalasin B / bBAF complex / npBAF complex / postsynaptic actin cytoskeleton organization / regulation of transepithelial transport / brahma complex / nBAF complex / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / morphogenesis of a polarized epithelium / GBAF complex / postsynaptic actin cytoskeleton / protein localization to adherens junction / regulation of G0 to G1 transition / Formation of annular gap junctions / dense body / Tat protein binding / Gap junction degradation / histone H3K36 methyltransferase activity / Cell-extracellular matrix interactions / Folding of actin by CCT/TriC / regulation of double-strand break repair / regulation of nucleotide-excision repair / apical protein localization / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / adherens junction assembly / RHOF GTPase cycle / RSC-type complex / Adherens junctions interactions / histone H3K4 methyltransferase activity / 密着結合 / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / regulation of synaptic vesicle endocytosis / NuA4 histone acetyltransferase complex / apical junction complex / establishment or maintenance of cell polarity / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of muscle cell differentiation / cortical cytoskeleton / nitric-oxide synthase binding / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Recycling pathway of L1 / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / kinesin binding / negative regulation of cell differentiation / ヘルト萼状シナプス / 刷子縁 / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases activate IQGAPs / positive regulation of myoblast differentiation / regulation of protein localization to plasma membrane / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / 軸索誘導 / negative regulation of protein binding / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / 運動性 / マイクロフィラメント / positive regulation of cell differentiation / regulation of transmembrane transporter activity / FCGR3A-mediated phagocytosis / 接着結合 / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA Damage Recognition in GG-NER / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Schaffer collateral - CA1 synapse / MAP2K and MAPK activation / tau protein binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / structural constituent of cytoskeleton / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / PKMTs methylate histone lysines / 動原体 / 血小板 / nuclear matrix / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / UCH proteinases / ヌクレオソーム / Signaling by BRAF and RAF1 fusions 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.294 Å | ||||||
データ登録者 | Horton, J.R. / Dai, S. / Cheng, X. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structural basis for the target specificity of actin histidine methyltransferase SETD3. 著者: Dai, S. / Horton, J.R. / Woodcock, C.B. / Wilkinson, A.W. / Zhang, X. / Gozani, O. / Cheng, X. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: SETD3 is an actin histidine methyltransferase that prevents primary dystocia. 著者: Wilkinson, A.W. / Diep, J. / Dai, S. / Liu, S. / Ooi, Y.S. / Song, D. / Li, T.M. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Liu, C. / Trivedi, D.V. / Ruppel, K.M. / Vilches-Moure, J.G. / Casey, K.M. / Mak, ...著者: Wilkinson, A.W. / Diep, J. / Dai, S. / Liu, S. / Ooi, Y.S. / Song, D. / Li, T.M. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Liu, C. / Trivedi, D.V. / Ruppel, K.M. / Vilches-Moure, J.G. / Casey, K.M. / Mak, J. / Cowan, T. / Elias, J.E. / Nagamine, C.M. / Spudich, J.A. / Cheng, X. / Carette, J.E. / Gozani, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ox4.cif.gz | 423.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ox4.ent.gz | 340.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ox4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/6ox4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/6ox4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 4分子 YZAB
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1788.008 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 66-80 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60709 #2: タンパク質 | 分子量: 67710.484 Da / 分子数: 2 / Mutation: N255A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETD3, C14orf154 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q86TU7, protein-histidine N-methyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 473分子
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→36.733 Å / Num. obs: 58449 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Rpim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.29→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4402 / CC1/2: 0.409 / Rpim(I) all: 0.437 / % possible all: 75 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6MBJ 解像度: 2.294→36.733 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.75
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.294→36.733 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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