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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v63 | ||||||
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タイトル | SETD3 WT in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Glutamine | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 basal body patch / protein-histidine N-methyltransferase / peptidyl-histidine methylation / regulation of uterine smooth muscle contraction / protein-L-histidine N-tele-methyltransferase activity / actin modification / tight junction assembly / regulation of transepithelial transport / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / morphogenesis of a polarized epithelium ...basal body patch / protein-histidine N-methyltransferase / peptidyl-histidine methylation / regulation of uterine smooth muscle contraction / protein-L-histidine N-tele-methyltransferase activity / actin modification / tight junction assembly / regulation of transepithelial transport / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / morphogenesis of a polarized epithelium / profilin binding / protein localization to bicellular tight junction / Formation of annular gap junctions / dense body / histone H3K36 methyltransferase activity / Gap junction degradation / Cell-extracellular matrix interactions / regulation of stress fiber assembly / Adherens junctions interactions / histone H3K4 methyltransferase activity / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of focal adhesion assembly / sarcomere organization / apical junction complex / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of wound healing / myofibril / positive regulation of muscle cell differentiation / Recycling pathway of L1 / filamentous actin / ヘルト萼状シナプス / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases activate IQGAPs / RHOBTB2 GTPase cycle / phagocytic vesicle / EPHB-mediated forward signaling / 軸索誘導 / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / マイクロフィラメント / 運動性 / FCGR3A-mediated phagocytosis / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Schaffer collateral - CA1 synapse / MAP2K and MAPK activation / structural constituent of cytoskeleton / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / PKMTs methylate histone lysines / 血小板 / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cellular response to type II interferon / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / Clathrin-mediated endocytosis / actin binding / 血管新生 / blood microparticle / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / 細胞骨格 / hydrolase activity / positive regulation of cell migration / 神経繊維 / focal adhesion / シナプス / ubiquitin protein ligase binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å | ||||||
データ登録者 | Dai, S. / Horton, J.R. / Cheng, X. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020 タイトル: An engineered variant of SETD3 methyltransferase alters target specificity from histidine to lysine methylation. 著者: Dai, S. / Horton, J.R. / Wilkinson, A.W. / Gozani, O. / Zhang, X. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v63.cif.gz | 261.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v63.ent.gz | 185.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v63.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v63 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 4分子 YZAB
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2858.229 Da / 分子数: 2 / 変異: H73Q / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C9JUM1, UniProt: P63261*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 67486.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETD3, C14orf154 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q86TU7, protein-histidine N-methyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 708分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-ACT / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.67 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→36.71 Å / Num. obs: 84534 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 23.21 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.09 Å / Num. unique obs: 7028 / CC1/2: 0.485 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6MBJ 解像度: 2.02→36.71 Å / SU ML: 0.2155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.7352
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→36.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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