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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6owt | |||||||||
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タイトル | Structure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin adaptor AP-2 complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / AP / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / Nef / trafficking / viral restriction factor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 AP-type membrane coat adaptor complex / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling ...AP-type membrane coat adaptor complex / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin coat / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / VLDLR internalisation and degradation / cardiac septum development / virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / MHC class II antigen presentation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / clathrin coat assembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / vesicle budding from membrane / membrane coat / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of protein localization to membrane / coronary vasculature development / signal sequence binding / negative regulation of protein localization to plasma membrane / aorta development / Neutrophil degranulation / ventricular septum development / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of endocytosis / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of receptor internalization / synaptic vesicle endocytosis / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol binding / 分泌 / kidney development / intracellular protein transport / cytoplasmic side of plasma membrane / kinase binding / disordered domain specific binding / シナプス小胞 / presynapse / heart development / cytoplasmic vesicle / postsynapse / protein-containing complex assembly / defense response to virus / transmembrane transporter binding / membrane => GO:0016020 / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / lipid binding / シナプス / protein-containing complex binding / GTP binding / protein kinase binding / ミトコンドリア / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Mus musculus (ハツカネズミ) Cercocebus atys (オナガザル) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Buffalo, C.Z. / Ren, X. / Hurley, J.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019 タイトル: Structural Basis for Tetherin Antagonism as a Barrier to Zoonotic Lentiviral Transmission. 著者: Cosmo Z Buffalo / Christina M Stürzel / Elena Heusinger / Dorota Kmiec / Frank Kirchhoff / James H Hurley / Xuefeng Ren / 要旨: Tetherin is a host defense factor that physically prevents virion release from the plasma membrane. The Nef accessory protein of simian immunodeficiency virus (SIV) engages the clathrin adaptor AP-2 ...Tetherin is a host defense factor that physically prevents virion release from the plasma membrane. The Nef accessory protein of simian immunodeficiency virus (SIV) engages the clathrin adaptor AP-2 to downregulate tetherin via its DIWK motif. As human tetherin lacks DIWK, antagonism of tetherin by Nef is a barrier to simian-human transmission of non-human primate lentiviruses. To determine the molecular basis for tetherin counteraction, we reconstituted the AP-2 complex with a simian tetherin and SIV Nef and determined its structure by cryoelectron microscopy (cryo-EM). Nef refolds the first α-helix of the β2 subunit of AP-2 to a β hairpin, creating a binding site for the DIWK sequence. The tetherin binding site in Nef is distinct from those of most other Nef substrates, including MHC class I, CD3, and CD4 but overlaps with the site for the restriction factor SERINC5. This structure explains the dependence of SIVs on tetherin DIWK and consequent barrier to human transmission. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6owt.cif.gz | 286.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6owt.ent.gz | 222.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6owt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/6owt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/6owt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 104286.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ap2a2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q66HM2, UniProt: P18484*PLUS | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 66953.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ap2b1, Clapb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62944 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 16161.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap2m1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5FWI9, UniProt: P84091*PLUS | ||
#4: タンパク質 | 分子量: 31772.352 Da / 分子数: 2 / Mutation: C55A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: protein chimera of the cytoplasmic tail of sooty mangabey (smm) linked to the N-terminus of SIV smm tetherin 由来: (組換発現) Cercocebus atys (オナガザル), (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) 遺伝子: BST2, nef / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3VHQ5, UniProt: Q4JGV0 #5: タンパク質 | | 分子量: 17011.662 Da / 分子数: 1 / Mutation: N97C, C99S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ap2s1, Ap17, Claps2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62744 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin adaptor AP-2 complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.2036 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 25mA / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50.16 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15_3459: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 159406 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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