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Yorodumi- PDB-6ofn: Crystal structure of green fluorescent protein (GFP); S65T, T203(... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ofn | ||||||
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Title | Crystal structure of green fluorescent protein (GFP); S65T, T203(3-OMeY); ih circular permutant (50-51) | ||||||
Components | Green fluorescent protein (GFP); S65T, T203(3-OMeY); ih circular permutant (50-51) | ||||||
Keywords | FLUORESCENT PROTEIN / GFP | ||||||
Function / homology | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Aequorea victoria (jellyfish) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.649 Å | ||||||
Authors | Lin, C.-Y. / Romei, M.G. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2019 Title: Unified Model for Photophysical and Electro-Optical Properties of Green Fluorescent Proteins. Authors: Lin, C.Y. / Romei, M.G. / Oltrogge, L.M. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ofn.cif.gz | 208.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ofn.ent.gz | 165.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ofn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/6ofn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/6ofn | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6ofkC 6oflC 6ofmC 6ofoC 4zf3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28175.430 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aequorea victoria (jellyfish) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P42212*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.67 Å3/Da / Density % sol: 26.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.15 M ammonium acetate, 34% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 4, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.649→38.742 Å / Num. obs: 43982 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 21.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.71 Å / Redundancy: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4295 / CC1/2: 0.671 / Rrim(I) all: 1.48 / % possible all: 96.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4zf3 Resolution: 1.649→38.742 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.92
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.649→38.742 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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