+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6o5u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | AAC-VIa bound to Kanamycin A | ||||||
![]() | Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase | ||||||
![]() | transferase/antibiotic / Antibiotic modifying enzyme / substrate selectivity / ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / response to antibiotic / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, P. / Cuneo, M.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Low-Barrier and Canonical Hydrogen Bonds Modulate Activity and Specificity of a Catalytic Triad. Authors: Kumar, P. / Agarwal, P.K. / Waddell, M.B. / Mittag, T. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 190.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 151 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6np1C ![]() 6np2C ![]() 6np3C ![]() 6np4C ![]() 6np5C ![]() 6ntiC ![]() 6ntjC ![]() 6bbzS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 32330.438 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q47030, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-KAN / ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.42 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 279 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 15-20% PEG 8000, 0.1M Tris pH 8.5 and 0.3M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 13, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.394→50 Å / Num. obs: 63478 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 16.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 0.621 / Net I/σ(I): 7.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 6bbz Resolution: 1.4→40.129 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 15.96
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.69 Å2 / Biso mean: 26.5401 Å2 / Biso min: 12.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.4→40.129 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|