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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o3u
タイトルCrystal structure of the Fab fragment of the human HIV-1 neutralizing antibody PGZL1.H4K3 in complex with 06:0 PA
要素
  • PGZL1.H4K3 heavy chain
  • PGZL1.H4K3 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / PGZL1.H4K3 ANTI HIV-1 / GP41 MPER / MEMBRANE LIPIDS (膜脂質) / BROADLY NEUTRALISING HIV-1 ANTIBODY
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.105 Å
データ登録者Irimia, A. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI100663 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: An MPER antibody neutralizes HIV-1 using germline features shared among donors.
著者: Lei Zhang / Adriana Irimia / Lingling He / Elise Landais / Kimmo Rantalainen / Daniel P Leaman / Thomas Vollbrecht / Armando Stano / Daniel I Sands / Arthur S Kim / / Pascal Poignard / ...著者: Lei Zhang / Adriana Irimia / Lingling He / Elise Landais / Kimmo Rantalainen / Daniel P Leaman / Thomas Vollbrecht / Armando Stano / Daniel I Sands / Arthur S Kim / / Pascal Poignard / Dennis R Burton / Ben Murrell / Andrew B Ward / Jiang Zhu / Ian A Wilson / Michael B Zwick /
要旨: The membrane-proximal external region (MPER) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) can be targeted by neutralizing antibodies of exceptional breadth. MPER antibodies usually have long, hydrophobic ...The membrane-proximal external region (MPER) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) can be targeted by neutralizing antibodies of exceptional breadth. MPER antibodies usually have long, hydrophobic CDRH3s, lack activity as inferred germline precursors, are often from the minor IgG3 subclass, and some are polyreactive, such as 4E10. Here we describe an MPER broadly neutralizing antibody from the major IgG1 subclass, PGZL1, which shares germline V/D-region genes with 4E10, has a shorter CDRH3, and is less polyreactive. A recombinant sublineage variant pan-neutralizes a 130-isolate panel at 1.4 μg/ml (IC). Notably, a germline revertant with mature CDR3s neutralizes 12% of viruses and still binds MPER after DJ reversion. Crystal structures of lipid-bound PGZL1 variants and cryo-EM reconstruction of an Env-PGZL1 complex reveal how these antibodies recognize MPER and viral membrane. Discovery of common genetic and structural elements among MPER antibodies from different patients suggests that such antibodies could be elicited using carefully designed immunogens.
履歴
登録2019年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PGZL1.H4K3 light chain
H: PGZL1.H4K3 heavy chain
A: PGZL1.H4K3 light chain
B: PGZL1.H4K3 heavy chain
C: PGZL1.H4K3 light chain
D: PGZL1.H4K3 heavy chain
E: PGZL1.H4K3 light chain
F: PGZL1.H4K3 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,20140
ポリマ－189,9888
非ポリマー5,21332
水61334
1
L: PGZL1.H4K3 light chain
H: PGZL1.H4K3 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,79810
ポリマ－47,4972
非ポリマー1,3018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
2
A: PGZL1.H4K3 light chain
B: PGZL1.H4K3 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,99012
ポリマ－47,4972
非ポリマー1,49310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
3
C: PGZL1.H4K3 light chain
D: PGZL1.H4K3 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7069
ポリマ－47,4972
非ポリマー1,2097
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
4
E: PGZL1.H4K3 light chain
F: PGZL1.H4K3 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7069
ポリマ－47,4972
非ポリマー1,2097
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)276.200, 276.200, 276.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

-
抗体 , 2種, 8分子 LACEHBDF

#1: 抗体
PGZL1.H4K3 light chain


分子量: 23276.662 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
PGZL1.H4K3 heavy chain


分子量: 24220.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 66分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-44E / (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジン酸


分子量: 368.360 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H29O8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.83
詳細: 1.44 M ammonium sulfate, 0.01M cobalt chloride, 0.1 M MES pH 5.83

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.105→39.061 Å / Num. obs: 61847 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 90 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.105→3.19 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4503 / CC1/2: 0.425 / Rpim(I) all: 0.792 / Rsym value: 1.205 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDS20180319データ削減
XSCALE20180319データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6O3K

6o3k


解像度: 3.105→39.061 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 23.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 3111 5.03 %
Rwork0.186 --
obs0.1881 61813 98.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.105→39.061 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13182 0 252 34 13468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52518802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.328223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422082
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052381
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1051-3.15360.36391330.33422564X-RAY DIFFRACTION96
3.1536-3.20530.35071450.29582719X-RAY DIFFRACTION100
3.2053-3.26060.37031420.29672661X-RAY DIFFRACTION100
3.2606-3.31980.31791430.28322722X-RAY DIFFRACTION100
3.3198-3.38360.3221430.26572630X-RAY DIFFRACTION99
3.3836-3.45270.29871410.26562702X-RAY DIFFRACTION99
3.4527-3.52770.30521400.26332677X-RAY DIFFRACTION99
3.5277-3.60970.29411420.21332698X-RAY DIFFRACTION100
3.6097-3.69990.26021440.20782692X-RAY DIFFRACTION99
3.6999-3.79990.23131410.20412682X-RAY DIFFRACTION99
3.7999-3.91160.28311330.19782630X-RAY DIFFRACTION97
3.9116-4.03770.26161420.19472668X-RAY DIFFRACTION100
4.0377-4.18190.20631450.17562692X-RAY DIFFRACTION100
4.1819-4.34910.1881450.15422715X-RAY DIFFRACTION99
4.3491-4.54670.17831420.13412651X-RAY DIFFRACTION99
4.5467-4.7860.17061430.13022702X-RAY DIFFRACTION99
4.786-5.08530.18361410.13332661X-RAY DIFFRACTION97
5.0853-5.4770.15651420.13952641X-RAY DIFFRACTION98
5.477-6.02640.21261450.16282672X-RAY DIFFRACTION98
6.0264-6.89420.21951400.18482662X-RAY DIFFRACTION97
6.8942-8.67030.23071420.18042615X-RAY DIFFRACTION95
8.6703-39.06360.22071370.1882646X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20050.51430.90014.879-2.91083.4575-0.0158-1.16550.34480.70440.28820.9525-1.10240.0645-0.09950.79250.28290.10651.13240.15090.8615-10.520438.556840.9433
24.9292-2.25920.03548.0184-4.16186.826-0.0107-0.5113-0.37870.29620.6050.756-1.0144-0.539-0.2640.62170.08520.0340.83370.13620.6909-10.955135.977631.1566
32.8067-0.2073-0.51164.91531.20963.5618-0.5188-0.8772-0.8440.15470.64051.434-0.0743-0.8299-0.19770.5290.08690.1631.04430.18110.9968-13.140128.536434.9747
46.3382-0.0207-3.78237.0419-1.01952.5659-0.1644-0.4263-0.2480.24150.5330.73120.2541-0.6386-0.3720.54690.11570.05010.73250.18840.672-7.842732.065535.9883
56.98361.1160.22121.70830.53573.59060.3469-0.59021.11420.33030.01690.0534-1.18610.0984-0.32891.1867-0.01550.2080.8401-0.28570.819112.884942.015860.4829
67.50530.82791.05976.0089-0.72953.66190.3665-0.0928-0.85520.3053-0.187-0.07740.4867-0.3235-0.17690.48550.02530.09080.4429-0.01360.465210.13320.075626.9397
77.10040.96340.92937.17770.84587.87850.03880.00890.3701-0.09150.63230.0853-0.5555-0.0813-0.14230.4388-0.06420.01040.44830.06650.49894.734629.773922.7287
84.12361.27840.12395.94352.17752.7178-0.28860.3003-0.112-0.58390.27970.27580.02120.191-0.07610.61790.03220.07650.53560.09210.457612.146424.214322.1494
90.6105-0.3798-0.80531.5847-0.69131.75660.0007-0.1958-0.15330.35670.12140.14960.18580.178-0.00130.6116-0.01870.10050.50740.00930.495610.590525.848342.6078
104.27031.0414-1.42411.3024-1.36133.4212-0.0553-1.0438-0.04720.81470.21360.06370.27620.2816-0.07931.00270.10050.04760.8380.00630.478917.862826.310757.8129
113.20383.6845-1.67019.4123-3.05321.8312-0.1779-0.79810.55820.86440.29080.3505-1.0693-0.5156-0.1030.91360.0718-0.11160.6989-0.06110.787-25.766449.2886.3871
127.42572.1564-0.98767.19530.03913.07060.0865-0.1550.30120.715-0.43210.7408-0.5378-0.46890.15380.7463-0.01370.00740.58850.05590.5459-25.414539.37778.6912
135.938-0.93240.96944.783-0.2413.4160.1849-0.77410.46980.8324-0.0508-0.11-0.64740.00480.09621.0296-0.0293-0.07140.707-0.05720.6226-17.43942.076210.4287
148.75273.78121.33822.73322.8064.79410.0161-0.28230.17570.8222-0.2766-1.305-0.3470.48280.07330.8543-0.0014-0.1370.70490.01080.7595-17.72146.31016.2662
155.49963.5446-0.68062.8614-0.09884.61860.7088-0.50140.2120.042-1.53110.3653-0.5342-0.41410.18630.58690.0755-0.00670.7336-0.02760.7054-24.65241.58921.553
161.1985-0.83291.12355.40720.49085.48340.00850.03280.35930.2783-0.03390.4419-0.32120.17180.14320.6852-0.0128-0.05340.64260.02340.9044-26.282762.9872-20.7686
172.92860.29950.29732.8425-0.13325.54850.02310.17290.4369-0.3128-0.15910.107-0.4392-0.13860.23990.86360.0704-0.0650.53390.03230.9103-26.952165.4446-21.9309
186.886-1.07163.94652.5212-1.70025.73950.10610.48450.11540.3274-0.3941-0.35210.60490.63310.31650.66160.1183-0.03540.67820.11180.6402-11.18128.0878-10.7818
195.33661.1385-1.29997.83260.96066.04720.3126-0.54670.4220.1196-0.42070.6879-0.0119-0.32680.23180.5028-0.0045-0.03920.46890.05560.3992-19.467327.919-4.0122
202.24881.00111.78265.8773-0.0416.8176-0.6849-0.5682-0.22380.16360.15460.29180.8297-0.4660.17880.77740.026-0.00590.57980.07490.5943-17.543822.0992-9.023
213.1345-0.14682.02851.39281.7815.6533-0.0686-0.2569-0.03170.4163-0.1409-0.34080.0540.0408-0.02950.54920.0083-0.03860.46380.08790.5275-14.905331.5668-3.1644
221.57961.056-0.30673.2980.38330.19650.17050.16810.46090.1013-0.3112-0.4475-0.03270.31940.11080.6058-0.0476-0.08010.68460.19770.8009-15.204555.3718-24.5858
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441.0603-0.2961-1.43762.8077-0.93412.47780.0640.62810.1369-0.08190.07780.0202-0.6019-0.0357-0.02950.5236-0.0649-0.03730.54610.1530.5129-27.90185.755518.7825
452.2610.8821-0.04581.4220.15050.7543-0.07910.52790.1992-0.3108-0.14630.60090.4227-0.92930.10480.49040.0199-0.07661.0258-0.02120.9167-54.5643-10.723123.6791
465.6469-0.1669-1.71763.3956-0.9120.79350.60170.1365-1.4838-0.31860.28140.92970.2743-1.4024-0.1880.56010.2065-0.14631.4224-0.13021.0125-62.0065-6.730421.2416
471.6679-0.36110.17612.3436-0.30753.5808-0.21871.0038-0.7571-0.75080.26710.9666-0.0149-0.92190.23180.5987-0.1073-0.11441.28970.00311.3265-59.2703-15.889517.0114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 18 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 19 through 38 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 39 through 75 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 76 through 102 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 103 through 213 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 1 through 32 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 33 through 66 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 67 through 87 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 88 through 164 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 165 through 228 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1 through 18 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 19 through 38 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 39 through 75 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 76 through 92 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 93 through 106 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 107 through 163 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 164 through 213 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 1 through 32 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 33 through 59 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 60 through 82 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 82A through 111 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 112 through 197 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 198 through 229 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 1 through 18 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 19 through 38 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 39 through 61 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 62 through 98 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 99 through 113 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 114 through 150 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 151 through 212 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 1 through 32 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 33 through 59 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 60 through 82 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 82A through 111 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 112 through 194 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 496 through 524 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 1 through 18 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 19 through 75 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 76 through 102 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'E' and (resid 103 through 213 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 1 through 32 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 33 through 59 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 60 through 82 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'F' and (resid 82A through 111 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'F' and (resid 112 through 184 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'F' and (resid 185 through 197 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'F' and (resid 198 through 229 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る