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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nx9 | ||||||
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タイトル | ECAII(D90T,K162T) MUTANT IN COMPLEX WITH CITRATE AT PH 7 | ||||||
要素 | L-asparaginase 2アスパラギナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / inactive mutant / hydrolysis of L-asparagine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 asparagine catabolic process / アスパラギナーゼ / asparaginase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homotetramerization / ペリプラズム / protein-containing complex / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Lubkowski, J. / Wlodawer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019 タイトル: Opportunistic complexes of E. coli L-asparaginases with citrate anions. 著者: Lubkowski, J. / Chan, W. / Wlodawer, A. #1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2007 タイトル: Crystal structure and allosteric regulation of the cytoplasmic Escherichia coli L-asparaginase I. 著者: Yun, M.K. / Nourse, A. / White, S.W. / Rock, C.O. / Heath, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nx9.cif.gz | 263.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nx9.ent.gz | 219.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nx9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/6nx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/6nx9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35544.820 Da / 分子数: 4 / 変異: K162T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ansB, b2957, JW2924 / プラスミド: pET-22b 詳細 (発現宿主): ORF contains a secretion sequence, 'HHHHHH' affinity tag and sequence of doubly mutated mature EcAII Cell (発現宿主): mesophilic bacteria / 細胞株 (発現宿主): JC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): ansA, ansB, iaaA triple knockout / 参照: UniProt: P00805, アスパラギナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-ACY / #3: 化合物 | ChemComp-IMD / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein, at the concentration 15 mg/ml in 50 mM HEPES buffer pH 7 and 150 mM sodium chloride was mixed with equivolume solution of precipitant that contained, 17% (w/v) PEG3350 and 0.17 M ...詳細: Protein, at the concentration 15 mg/ml in 50 mM HEPES buffer pH 7 and 150 mM sodium chloride was mixed with equivolume solution of precipitant that contained, 17% (w/v) PEG3350 and 0.17 M ammonium citrate pH 7. Resulting droplets were equilibrated against the precipitant. Before data collection, crystal was transferred the precipitant containing L-Asn at concentration 20 mM. Subsequently, for the data collection, crystal was briefly transferred to cryo-protecting solution, which had the same composition as precipitant (with L-Asn), except concentration of PEG3350 was increased to 35 % (v/w/) and 10% (v/v), and also contained 15% of glycerol Temp details: incubator-controlled |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: stream of liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日 / 詳細: Multilayer X-ray mirrors VariMax HF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Multilayer X-ray mirrors VariMax HF プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.97→40 Å / Num. obs: 81136 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.827 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 263837 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.97→26.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 4.546 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.1735 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.167 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.87 Å2 / Biso mean: 25.501 Å2 / Biso min: 11.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.97→26.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.971→2.022 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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