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- PDB-6nv2: 14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45 in complex with DP005 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nv2
タイトル14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45 in complex with DP005
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Transcription factor p65
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / fusicoccanes / natural products (天然物化学) / p65 / 1433
機能・相同性
機能・相同性情報


acetaldehyde metabolic process / prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / cellular response to peptidoglycan / Regulated proteolysis of p75NTR / ankyrin repeat binding / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 ...acetaldehyde metabolic process / prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / cellular response to peptidoglycan / Regulated proteolysis of p75NTR / ankyrin repeat binding / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / SUMOylation of immune response proteins / CLEC7A/inflammasome pathway / negative regulation of protein sumoylation / defense response to tumor cell / postsynapse to nucleus signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / cellular response to interleukin-6 / Interleukin-1 processing / actinin binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to angiotensin / NF-kappaB complex / response to UV-B / interleukin-1-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / Regulation of NFE2L2 gene expression / vascular endothelial growth factor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of miRNA metabolic process / regulation of epidermal cell division / response to cobalamin / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / phosphate ion binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to lipoteichoic acid / TRAF6 mediated NF-kB activation / response to muramyl dipeptide / The NLRP3 inflammasome / Regulation of localization of FOXO transcription factors / general transcription initiation factor binding / keratinocyte proliferation / Transcriptional Regulation by VENTX / NF-kappaB binding / hair follicle development / phosphoserine residue binding / neuropeptide signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / canonical NF-kappaB signal transduction / establishment of skin barrier / cellular response to interleukin-1 / response to amino acid / cellular defense response / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / response to cAMP / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein kinase A signaling / response to muscle stretch / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / positive regulation of interleukin-12 production / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / protein sequestering activity / NF-kB is activated and signals survival / CD209 (DC-SIGN) signaling / response to interleukin-1 / negative regulation of angiogenesis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / : / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of miRNA transcription / liver development / response to progesterone / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to cytokine / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / response to ischemia / positive regulation of interleukin-8 production / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / Activation of NF-kappaB in B cells / peptide binding / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. ...Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3タンパク質 / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3タンパク質 / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0V4 / 14-3-3 protein sigma / Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Wolter, M. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Commission オランダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Selectivity via Cooperativity: Preferential Stabilization of the p65/14-3-3 Interaction with Semisynthetic Natural Products.
著者: Wolter, M. / de Vink, P. / Neves, J.F. / Srdanovic, S. / Higuchi, Y. / Kato, N. / Wilson, A. / Landrieu, I. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
履歴
登録2019年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Transcription factor p65
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5034
ポリマ－27,9712
非ポリマー5322
水6,071337
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Transcription factor p65
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Transcription factor p65
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0078
ポリマ－55,9434
非ポリマー1,0644
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area23210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.150, 112.070, 62.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Transcription factor p65


分子量: 1412.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q04206*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 糖 ChemComp-0V4 / (4R,5R,6R,6aS,9S,9aE,10aR)-5-hydroxy-9-(methoxymethyl)-6,10a-dimethyl-3-(propan-2-yl)-1,2,4,5,6,6a,7,8,9,10a-decahydrodicyclopenta[a,d][8]annulen-4-yl alpha-D-glucopyranoside / 16-O-Me-Fusicoccin H


タイプ: D-saccharide / 分子量: 496.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C27H44O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.095 M HEPES Na pH 7.1, 27% PEG400, 0.19M Calcium chloride, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→45.47 Å / Num. obs: 352244 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.13→1.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / CC1/2: 0.929 / Rrim(I) all: 0.258 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MHR

3mhr


解像度: 1.13→45.468 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1795 5405 5.04 %
Rwork0.1605 --
obs0.1614 107181 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→45.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1908 0 36 337 2281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3952707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.55756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.127-1.13980.23261830.21553375X-RAY DIFFRACTION99
1.1398-1.15320.21521850.20113357X-RAY DIFFRACTION99
1.1532-1.16730.22081810.2073323X-RAY DIFFRACTION98
1.1673-1.18210.2211860.19333384X-RAY DIFFRACTION99
1.1821-1.19760.23991760.1863384X-RAY DIFFRACTION99
1.1976-1.2140.21991960.17893295X-RAY DIFFRACTION99
1.214-1.23140.19481890.17783336X-RAY DIFFRACTION98
1.2314-1.24980.18641770.16143366X-RAY DIFFRACTION99
1.2498-1.26930.17981830.15633387X-RAY DIFFRACTION99
1.2693-1.29010.16531560.14923370X-RAY DIFFRACTION98
1.2901-1.31230.1551760.14513378X-RAY DIFFRACTION98
1.3123-1.33620.17181680.14893392X-RAY DIFFRACTION99
1.3362-1.36190.19591810.15243354X-RAY DIFFRACTION99
1.3619-1.38970.17641550.14663397X-RAY DIFFRACTION98
1.3897-1.41990.15361570.13773344X-RAY DIFFRACTION97
1.4199-1.4530.15281640.13083390X-RAY DIFFRACTION99
1.453-1.48930.15841680.12523404X-RAY DIFFRACTION99
1.4893-1.52960.14091900.12133361X-RAY DIFFRACTION99
1.5296-1.57460.13191900.12553361X-RAY DIFFRACTION98
1.5746-1.62540.15572010.12813381X-RAY DIFFRACTION99
1.6254-1.68350.16851870.13353359X-RAY DIFFRACTION98
1.6835-1.75090.16741890.14193378X-RAY DIFFRACTION98
1.7509-1.83060.14911650.15713434X-RAY DIFFRACTION99
1.8306-1.92710.16441720.16443398X-RAY DIFFRACTION99
1.9271-2.04790.17911830.16173411X-RAY DIFFRACTION99
2.0479-2.2060.17391800.14593424X-RAY DIFFRACTION99
2.206-2.4280.16351930.14853432X-RAY DIFFRACTION99
2.428-2.77930.16651790.16633493X-RAY DIFFRACTION99
2.7793-3.50140.19621860.17393482X-RAY DIFFRACTION99
3.5014-45.50490.20812090.1883626X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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