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- PDB-6nit: Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with four central ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nit
タイトルHuman Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with four central mismatches (bu4)
要素
  • Protein argonaute-2
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*UP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
キーワードrna binding protein/rna / RNA-binding protein (RNA結合タンパク質) / microRNA (MiRNA) / target directed microRNA decay / HYDROLASE (加水分解酵素) / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / rna binding protein-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / positive regulation of trophoblast cell migration / RNA secondary structure unwinding / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / mRNA cap binding / RISC complex assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / miRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RISC complex / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA polymerase II complex binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Regulation of MECP2 expression and activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of translational initiation / RNA endonuclease activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / translation initiation factor activity / post-embryonic development / positive regulation of translation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / MAPK6/MAPK4 signaling / P-body / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / 翻訳 (生物学) / 樹状突起 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute-2 / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / paz domain / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain ...Protein argonaute-2 / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / paz domain / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain / PAZ domain profile. / Response regulator / Beta Complex / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Protein argonaute-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Sheu-Gruttadauria, J. / MacRae, I.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104475 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115649 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Target-Directed MicroRNA Degradation.
著者: Sheu-Gruttadauria, J. / Pawlica, P. / Klum, S.M. / Wang, S. / Yario, T.A. / Schirle Oakdale, N.T. / Steitz, J.A. / MacRae, I.J.
履歴
登録2018年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-2
B: Protein argonaute-2
C: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
E: RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*UP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3')
F: RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*UP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,8536
ポリマ－222,8536
非ポリマー00
水0
1
A: Protein argonaute-2
C: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
E: RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*UP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4273
ポリマ－111,4273
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area41790 Å2
手法PISA
2
B: Protein argonaute-2
D: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
F: RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*UP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4273
ポリマ－111,4273
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area39690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.712, 137.086, 154.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-2 / hAgo2 / Argonaute RISC catalytic component 2 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 2 / ...hAgo2 / Argonaute RISC catalytic component 2 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 2 / eIF2C 2 / PAZ Piwi domain protein / PPD / Protein slicer


分子量: 97358.188 Da / 分子数: 2 / 変異: D669A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGO2, EIF2C2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UKV8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')


分子量: 6788.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: miR-122 21mer / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*UP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量: 7280.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.79→39.56 Å / Num. obs: 23149 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Rpim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.79→4.1 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.068 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4605 / Rpim(I) all: 0.43 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→39.301 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2941 1163 5.04 %
Rwork0.2427 --
obs0.2453 23073 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→39.301 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12758 1448 0 0 14206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00314664
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82120158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.455708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0322305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042345
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7748-3.94640.35551460.32762647X-RAY DIFFRACTION97
3.9464-4.15430.2991530.29242699X-RAY DIFFRACTION100
4.1543-4.41420.3031390.26012681X-RAY DIFFRACTION99
4.4142-4.75450.29591530.24932708X-RAY DIFFRACTION99
4.7545-5.2320.26551350.23992753X-RAY DIFFRACTION100
5.232-5.98680.32321430.24872756X-RAY DIFFRACTION99
5.9868-7.5340.31361530.24772785X-RAY DIFFRACTION100
7.534-39.3030.25341410.19012881X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.37242.3231-1.864.5226-1.66031.9904-0.3479-0.2289-1.3922-0.74950.29870.26480.965-0.69690.09471.3083-0.1615-0.18071.2059-0.0041.2211231.2476139.43647.0509
23.77431.30560.11380.5488-0.10826.30890.1962-0.4513-0.1555-0.2219-0.00810.74160.5264-0.8548-0.43191.329-0.1114-0.02960.98860.20661.647229.6254135.203752.564
32.18831.006-4.04211.9758-1.58217.13330.5828-0.41340.43070.1042-0.30.1029-0.89310.9049-0.38081.1367-0.05510.1071.39950.06591.0109241.2418129.075187.248
42.8797-0.10960.23963.4802-1.08913.2637-0.1711-0.42760.23230.4914-0.03340.0385-0.15640.27990.28550.85390.03110.09030.8238-0.03280.7724252.4641166.230454.587
53.93932.46030.33245.423-0.07422.0503-0.242-0.3397-0.0078-0.16110.14841.53070.5348-0.8298-0.07870.9736-0.05950.01941.0666-0.10971.3961226.155566.994453.0215
60.2270.2086-2.6711.9759-3.88158.50790.2036-0.4661-0.01530.48720.12860.1345-0.65730.6569-0.05531.1204-0.11650.08151.1585-0.00660.9789242.680361.380482.7787
73.36060.70550.19962.13570.11712.21360.0012-0.45950.518-0.0056-0.01630.1725-0.10040.1240.0280.59040.03830.07890.697-0.0570.8248252.43597.238860.042
85.6186-0.9179-4.04765.4112-1.85564.75760.4285-1.9036-0.54252.1271-0.2259-1.61961.0878-0.64530.04411.45830.0582-0.23171.28420.11930.7596258.3886157.774461.6552
99.15160.0965-4.14435.45770.52968.1334-0.7757-2.25650.8559-0.49650.24432.3808-1.8443-0.70950.3712.23570.1169-0.44982.4112-0.11061.936226.0454148.66572.4194
102.3862-0.53043.26892.3464-4.04879.48660.2167-1.3227-0.5260.6199-0.1068-0.58730.63550.48560.50470.77590.0368-0.03021.0924-0.14510.9203260.277190.934767.3147
113.4651.9812-4.54291.3263-2.77055.8573-1.1631-0.92730.33051.0565-0.03920.4928-0.61490.47950.77771.37030.10130.28360.94960.09941.3899240.907679.791171.2823
123.60091.1772-1.21960.9221.03923.7390.7658-0.8666-0.5107-0.3619-1.0694-0.78320.8296-0.4201-0.07492.71660.06030.01792.71280.0371.6711230.6821148.962969.9537
133.19412.9901-0.3382.9678-0.79481.1225-0.7984-1.1402-0.07561.5864-0.2394-1.0287-0.71510.73990.86121.8765-0.0295-0.10961.42170.52511.334266.5224152.045963.2959
149.36923.6601-1.05431.5224-0.06043.64280.17230.19270.45871.10970.2642-0.47513.3408-0.3172-0.4011.84240.1358-0.65982.2012-0.83152.9291230.990878.017876.017
153.17763.7423-1.31377.0773.07048.2396-0.8089-0.9837-1.13260.55160.28610.1341-0.81820.27040.67891.06210.129-0.0120.96510.29181.2037264.822782.223468.4032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 81 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 225 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 226 through 371 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 372 through 859 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 22 through 182 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 183 through 384 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 385 through 859 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 7 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 8 through 20 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1 through 5 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 6 through 16 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 2 through 14 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 15 through 23 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 2 through 13 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 14 through 23 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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