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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mqr | ||||||
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タイトル | Vaccine-elicited NHP FP-targeting neutralizing antibody 0PV-a.01 in complex with FP (residue 512-519) | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, K. / Wang, Y. / Kwong, P.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Antibody Lineages with Vaccine-Induced Antigen-Binding Hotspots Develop Broad HIV Neutralization. 著者: Rui Kong / Hongying Duan / Zizhang Sheng / Kai Xu / Priyamvada Acharya / Xuejun Chen / Cheng Cheng / Adam S Dingens / Jason Gorman / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / ...著者: Rui Kong / Hongying Duan / Zizhang Sheng / Kai Xu / Priyamvada Acharya / Xuejun Chen / Cheng Cheng / Adam S Dingens / Jason Gorman / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / Tongqing Zhou / Gwo-Yu Chuang / Cara W Chao / Ying Gu / Alexander J Jafari / Mark K Louder / Sijy O'Dell / Ariana P Rowshan / Elise G Viox / Yiran Wang / Chang W Choi / Martin M Corcoran / Angela R Corrigan / Venkata P Dandey / Edward T Eng / Hui Geng / Kathryn E Foulds / Yicheng Guo / Young D Kwon / Bob Lin / Kevin Liu / Rosemarie D Mason / Martha C Nason / Tiffany Y Ohr / Li Ou / Reda Rawi / Edward K Sarfo / Arne Schön / John P Todd / Shuishu Wang / Hui Wei / Winston Wu / / James C Mullikin / Robert T Bailer / Nicole A Doria-Rose / Gunilla B Karlsson Hedestam / Diana G Scorpio / Julie Overbaugh / Jesse D Bloom / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / John R Mascola / ![]() ![]() 要旨: The vaccine-mediated elicitation of antibodies (Abs) capable of neutralizing diverse HIV-1 strains has been a long-standing goal. To understand how broadly neutralizing antibodies (bNAbs) can be ...The vaccine-mediated elicitation of antibodies (Abs) capable of neutralizing diverse HIV-1 strains has been a long-standing goal. To understand how broadly neutralizing antibodies (bNAbs) can be elicited, we identified, characterized, and tracked five neutralizing Ab lineages targeting the HIV-1-fusion peptide (FP) in vaccinated macaques over time. Genetic and structural analyses revealed two of these lineages to belong to a reproducible class capable of neutralizing up to 59% of 208 diverse viral strains. B cell analysis indicated each of the five lineages to have been initiated and expanded by FP-carrier priming, with envelope (Env)-trimer boosts inducing cross-reactive neutralization. These Abs had binding-energy hotspots focused on FP, whereas several FP-directed Abs induced by immunization with Env trimer-only were less FP-focused and less broadly neutralizing. Priming with a conserved subregion, such as FP, can thus induce Abs with binding-energy hotspots coincident with the target subregion and capable of broad neutralization. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8977C ![]() 9189C ![]() 9319C ![]() 9320C ![]() 9359C ![]() 6mpgC ![]() 6mphC ![]() 6mqcC ![]() 6mqeC ![]() 6mqmC ![]() 6mqsC ![]() 6n16C ![]() 6n1vC ![]() 6n1wC ![]() 6nf2C ![]() 6osyC ![]() 6ot1C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 732.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P04578*PLUS |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | 分子量: 24624.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23486.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 134分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.3 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.17 M NH4CH3CO2, 0.085 M acetate pH 4.6, 25.5% w/v PEG 4000, and 15% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月18日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 24735 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 50.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 1.502 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 210137 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→42.561 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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