PDB-6mot: Bacteroides intestinalis feruloyl esterase, Bacint_01033

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mot

タイトル

Bacteroides intestinalis feruloyl esterase, Bacint_01033

要素

Isoamylase N-terminal domain protein

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / carbohydrate esterase /

feruloyl esterase (フェルロイルエステラーゼ)

機能・相同性

Esterase-like /

Putative esterase / Immunoglobulin E-set /

Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin-like fold / Isoamylase N-terminal domain protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides intestinalis DSM 17393 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Koropatkin, N.M. / Pereira, G.V. / Cann, I.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Degradation of complex arabinoxylans by human colonic Bacteroidetes
著者: Pereira, G.V. / DAlessandro-Gabazza, C. / Farris, J. / Wefers, D. / Mackie, R. / Koropatkin, N.M. / Gabazza, E.C. / Cann, I.

履歴

登録	2018年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mot.cif.gz	164.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mot.ent.gz	135.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mot.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6mot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6mot	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mlyC 6mouC 6ne9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cgp-d 2aeh-2 2aeh-1 1fi4-d 6s17-d 4cye-1 4m29-d 4v3e-d 5a4l-2 6yf8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoamylase N-terminal domain protein

ヘテロ分子

41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Isoamylase N-terminal domain protein

ヘテロ分子

A: Isoamylase N-terminal domain protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
82.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.959, 99.959, 164.204
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-508- HOH
2	1	A-728- HOH

#1: タンパク質	Isoamylase N-terminal domain protein / Feruloyl esterase 分子量: 41096.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides intestinalis DSM 17393 (バクテリア) 遺伝子: BACINT_01033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3C969
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.5M Lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate (Hampton SaltRx B10) Temp details: room

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月7日
放射	モノクロメーター: C 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→86.567 Å / Num. obs: 99242 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 40.4 % / B_iso Wilson estimate: 24.58 Å² / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.71→1.73 Å

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
SOLVE		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.71→86.567 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 19.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1912	3730	3.76 %
R_work	0.1706	-	-
obs	0.1713	99242	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.59 Å² / B_iso mean: 32.1501 Å² / B_iso min: 15.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.71→86.567 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2754	0	40	306	3100
B_iso mean	-	-	46.22	44.34	-
残基数	-	-	-	-	345

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.71-1.7317	0.3122	143	0.3523	3556	3699
1.7317-1.7544	0.3335	138	0.3402	3531	3669
1.7544-1.7785	0.3721	140	0.3296	3557	3697
1.7785-1.8039	0.3366	136	0.3093	3488	3624
1.8039-1.8308	0.3461	143	0.2928	3555	3698
1.8308-1.8594	0.2611	135	0.2663	3513	3648
1.8594-1.8899	0.2707	138	0.2466	3574	3712
1.8899-1.9225	0.2251	138	0.2229	3545	3683
1.9225-1.9575	0.2418	138	0.2142	3534	3672
1.9575-1.9951	0.2285	135	0.2005	3510	3645
1.9951-2.0358	0.2018	140	0.1834	3570	3710
2.0358-2.0801	0.2401	134	0.1847	3502	3636
2.0801-2.1285	0.2208	138	0.1782	3560	3698
2.1285-2.1817	0.2065	138	0.1626	3506	3644
2.1817-2.2407	0.2152	139	0.1542	3534	3673
2.2407-2.3067	0.1833	136	0.1565	3552	3688
2.3067-2.3811	0.1754	140	0.1651	3530	3670
2.3811-2.4662	0.1976	139	0.1607	3523	3662
2.4662-2.565	0.1707	135	0.1621	3573	3708
2.565-2.6817	0.2095	138	0.1673	3513	3651
2.6817-2.8231	0.2153	139	0.1731	3527	3666
2.8231-3	0.1806	141	0.1633	3544	3685
3-3.2317	0.1848	131	0.1592	3556	3687
3.2317-3.5569	0.1555	135	0.1515	3538	3673
3.5569-4.0716	0.1387	141	0.1382	3522	3663
4.0716-5.1297	0.1438	136	0.1223	3549	3685
5.1297-86.6781	0.1839	146	0.1692	3550	3696

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.934 Å / Origin y: 33.1527 Å / Origin z: 69.9878 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1648 Å²	-0.0367 Å²	0.0092 Å²	-	0.1832 Å²	-0.015 Å²	-	-	0.1425 Å²
L	1.3409 °²	-0.5862 °²	-0.5434 °²	-	1.0518 °²	0.3473 °²	-	-	1.0092 °²
S	-0.0557 Å °	0.067 Å °	-0.0456 Å °	-0.0461 Å °	0.0698 Å °	-0.0498 Å °	0.0189 Å °	0.0025 Å °	-0.0162 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	25 - 384
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 386
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	389 - 391
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	392
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 3
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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