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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mdq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of equine serum albumin in complex with testosterone | ||||||
要素 | Serum albumin | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Albumin (アルブミン) / Equine Serum Albumin / Testosterone (テストステロン) / CSGID / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Czub, M.P. / Majorek, K.A. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Venkataramany, B.S. / Cymborowski, M.T. / Satchell, K.J. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019 タイトル: Testosterone meets albumin - the molecular mechanism of sex hormone transport by serum albumins. 著者: Czub, M.P. / Venkataramany, B.S. / Majorek, K.A. / Handing, K.B. / Porebski, P.J. / Beeram, S.R. / Suh, K. / Woolfork, A.G. / Hage, D.S. / Shabalin, I.G. / Minor, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mdq.cif.gz | 248.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mdq.ent.gz | 198.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mdq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/6mdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/6mdq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3v08S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65768.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P35747 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | this mutation is characteristic for Equus ferus przewalskii, a rare subspecies of wild horse from ...this mutation is characteristic for Equus ferus przewalskii, a rare subspecies of wild horse from central Asia. See NCBI database, accession code: XP_008524663.1 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein was mixed with 0.2 ul of the well condition (1.8 M ammonium dihydrogen citrate, pH 7.0) and equilibrated against well solution in 96-Well sitting drop ...詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein was mixed with 0.2 ul of the well condition (1.8 M ammonium dihydrogen citrate, pH 7.0) and equilibrated against well solution in 96-Well sitting drop crystallization plate (Swissci). Testosterone powder was added to the crystallization drop |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日 / 詳細: Beryllium Lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 39149 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 298193 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3V08 解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 12.041 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.2083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.178 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 209.58 Å2 / Biso mean: 64.487 Å2 / Biso min: 34.79 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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