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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m3d | ||||||||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of tandemly connected engrailed homeodomains (EHD) with R53A mutations and DNA complex | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / HOMEODOMAIN FOLD (ホメオボックス) / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / GENOME EDITING (ゲノム編集) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation ...posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / wing disc morphogenesis / neuroblast fate determination / imaginal disc-derived wing vein specification / segment polarity determination / ventral midline development / compartment pattern specification / gonad development / RSC-type complex / 軸索誘導 / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / 遺伝子発現の調節 / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sunami, T. / Hirano, Y. / Tamada, T. / Kono, H. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Structural basis for designing an array of engrailed homeodomains. 著者: Sunami, T. / Hirano, Y. / Tamada, T. / Kono, H. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m3d.cif.gz | 84.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m3d.ent.gz | 49 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m3d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/6m3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/6m3d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2hddS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3581.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3741.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: タンパク質 | 分子量: 17344.592 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q503K,R506A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: the fusion protein of EHD (UNP RESIDUES 453-512), linkers GGGGG, EHD (UNP RESIDUES 453-512) 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: en, CG9015 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02836 |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 8% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→38.17 Å / Num. obs: 24423 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.1623401697 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Rrim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1183 / CC1/2: 0.921 / Rrim(I) all: 0.338 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2HDD 解像度: 1.6→38.17 Å / SU ML: 0.174027637387 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.40888796396 / 位相誤差: 23.6012510998 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.5017300563 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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