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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6llx | ||||||
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タイトル | Discovery of A Dual Inhibitor of NQO1 and GSTP1 for Treating Malignant Glioblastoma | ||||||
要素 | Glutathione S-transferase P | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Oxidative stress (酸化ストレス) / NQO1 / GSTP1 / GBM / small molecular inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process ...S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / negative regulation of JUN kinase activity / nitric oxide binding / linoleic acid metabolic process / 薬物代謝 / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / Paracetamol ADME / JUN kinase binding / glutathione peroxidase activity / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of MAPK cascade / regulation of stress-activated MAPK cascade / prostaglandin metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of acute inflammatory response / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / negative regulation of tumor necrosis factor production / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of fibroblast proliferation / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of MAP kinase activity / central nervous system development / response to reactive oxygen species / fatty acid binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / secretory granule lumen / vesicle / cellular response to lipopolysaccharide / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.581 Å | ||||||
データ登録者 | Ye, K. / Li, H. / Lei, K.C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Hematol Oncol / 年: 2020 タイトル: Discovery of a dual inhibitor of NQO1 and GSTP1 for treating glioblastoma. 著者: Lei, K. / Gu, X. / Alvarado, A.G. / Du, Y. / Luo, S. / Ahn, E.H. / Kang, S.S. / Ji, B. / Liu, X. / Mao, H. / Fu, H. / Kornblum, H.I. / Jin, L. / Li, H. / Ye, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6llx.cif.gz | 109.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6llx.ent.gz | 81.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6llx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/6llx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/6llx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23892.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P09211, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES PH5.8 ,30% PEG6000 ,10mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 70461 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 9.38 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.118 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 32.61 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Num. unique obs: 3455 / CC1/2: 0.952 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.238 / Rsym value: 0.238 / % possible all: 99.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3gus 解像度: 1.581→24.11 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.6
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 44.81 Å2 / Biso mean: 11.7893 Å2 / Biso min: 2.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.581→24.11 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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