[日本語] English
万見
- PDB-6lh0: Crystal structure of a cysteine-pair mutant (P10C-S291C) of a bac... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lh0
タイトルCrystal structure of a cysteine-pair mutant (P10C-S291C) of a bacterial bile acid transporter in an inward-facing apo-state
要素Transporter, sodium/bile acid symporter family運搬体タンパク質
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Bile acid transporter / ASBT / NTCP / SLC10
機能・相同性Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family / Sodium/solute symporter superfamily / 生体膜 / 2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Transporter, sodium/bile acid symporter family
機能・相同性情報
生物種Yersinia frederiksenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.812 Å
データ登録者Wang, X. / Lyu, Y. / Ji, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31770783 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Substrate binding in the bile acid transporter ASBT Yf from Yersinia frederiksenii.
著者: Wang, X. / Lyu, Y. / Ji, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.
履歴
登録2019年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transporter, sodium/bile acid symporter family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4584
ポリマ－33,3881
非ポリマー1,0703
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.912, 96.579, 44.847
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Transporter, sodium/bile acid symporter family / 運搬体タンパク質


分子量: 33387.898 Da / 分子数: 1 / 変異: P10C, S291C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia frederiksenii (バクテリア)
遺伝子: NCTC11470_02445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A380PV03
#2: 化合物 ChemComp-A6L / 2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / monoolein / モノオレイン


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 28% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.812→40.089 Å / Num. obs: 8024 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 66.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 59994
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.812-2.8617.40.77728533840.8550.2990.8342.4100
7.617-40.0896.50.03129094490.9990.0130.03436.699.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LGV

6lgv


解像度: 2.812→40.089 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2924 376 4.69 %
Rwork0.2677 --
obs0.2689 8016 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.52 Å2 / Biso mean: 68.1357 Å2 / Biso min: 30.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.812→40.089 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2309 0 75 1 2385
Biso mean--68.63 47.34 -
残基数----308
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.8121-3.21890.35571210.30372489
3.2189-4.05490.31211170.28242527
4.0549-40.0890.27211380.25072624
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33420.50550.83590.17060.31780.5021-0.07830.32920.8989-0.4945-0.2712-0.0913-0.1574-0.001-0.25460.66070.11930.21140.5950.23570.6517.873325.81897.5348
21.0309-0.2514-0.1310.28130.00651.11550.02560.42810.8054-0.0714-0.08160.0180.2693-0.0286-0.03960.2489-0.0652-0.08040.24220.02910.5097-4.240922.450723.7194
30.44070.05650.07470.0482-0.04850.14830.5080.12890.7054-0.825-0.3739-0.9411-0.1461-0.1236-0.00090.46060.11590.10930.4109-0.03920.5198-11.76330.105219.8968
42.3097-1.4669-0.06851.19510.86651.52670.29710.20310.8425-0.0705-0.1804-0.6040.3501-0.06920.08490.21390.05050.08840.30870.11650.43031.779222.648617.5219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 47 )A-2 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 118 )A48 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 164 )A119 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 165 through 305 )A165 - 305

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る