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Yorodumi- PDB-6lep: Crystal structure of thiosulfate transporter YeeE inactive mutant... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lep | ||||||
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Title | Crystal structure of thiosulfate transporter YeeE inactive mutant - C91A | ||||||
Components | Sulf_transp domain-containing protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Transmembrane / Transporter | ||||||
Function / homology | Sulphur transport domain / Sulphur transport / sulfate transport / plasma membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / THIOSULFATE / Thiosulfate transporter TsuA Function and homology information | ||||||
Biological species | Spirochaeta thermophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Tanaka, Y. / Tsukazaki, T. / Yoshikaie, K. / Sugano, Y. / Takeuchi, A. / Uchino, S. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2020 Title: Crystal structure of a YeeE/YedE family protein engaged in thiosulfate uptake. Authors: Tanaka, Y. / Yoshikaie, K. / Takeuchi, A. / Ichikawa, M. / Mori, T. / Uchino, S. / Sugano, Y. / Hakoshima, T. / Takagi, H. / Nonaka, G. / Tsukazaki, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6lep.cif.gz | 134.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6lep.ent.gz | 105.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6lep.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6lep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6lep | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36369.656 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C91A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Spirochaeta thermophila (bacteria) / Gene: Spith_0734 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): C41 / References: UniProt: G0GAP6 | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-OLC / ( #3: Chemical | ChemComp-THJ / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 48.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 7 / Details: Pentaerythritol-propoxylate, MES, NaCl / PH range: 6.5-7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL32XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→42.878 Å / Num. obs: 10320 / % possible obs: 91.4 % / Redundancy: 29.277 % / Biso Wilson estimate: 47.588 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.358 / Rrim(I) all: 0.363 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 10.14 / Num. measured all: 302137 / Scaling rejects: 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: experiment Resolution: 2.6→42.878 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112.48 Å2 / Biso mean: 43.7468 Å2 / Biso min: 19.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→42.878 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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