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Yorodumi- PDB-6efx: Crystal structure of a YjeF family protein from Cryptococcus neof... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6efx | ||||||
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Title | Crystal structure of a YjeF family protein from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A in complex with AMPPNP | ||||||
Components | ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / SSGCID / Cryptococcus neoformans / ATP / YjeF / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase / ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / nicotinamide nucleotide metabolic process / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of a YjeF family protein from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A in complex with AMPPNP Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6efx.cif.gz | 153.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6efx.ent.gz | 117.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6efx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6efx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6efx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
| x 8||||||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | Per size exclusion chromatography the protein appears to be a dimer. However, PISA describes a very convincing crystallographic octamer. With these conflicting pieces of information the actual oligomeric structure remains unclear. |
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 38301.988 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (fungus) Strain: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / Gene: CNAG_05097 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: J9VIT7, ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase |
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-Non-polymers , 5 types, 221 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ANP / |
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#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#5: Chemical | ChemComp-EDO / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.7 Details: Optimization screen based on RigakuReagents JCSG+ screen, condition D3: 49% PEG 200, 100mM KH2PO4/Na2HPO4 pH 5.7, 100mM NaCl: CrneC.19313.a.B1.PS38377 at 15mg/ml + 2.5mM MgCl2 + 2.5mM AMPPNP: ...Details: Optimization screen based on RigakuReagents JCSG+ screen, condition D3: 49% PEG 200, 100mM KH2PO4/Na2HPO4 pH 5.7, 100mM NaCl: CrneC.19313.a.B1.PS38377 at 15mg/ml + 2.5mM MgCl2 + 2.5mM AMPPNP: cryo: 10% EG + compounds: tray 301295g1, puck HWU2-5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→46.982 Å / Num. obs: 23914 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.728 % / Biso Wilson estimate: 31.002 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 22.84 / Num. measured all: 256552 / Scaling rejects: 256 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: predicted structure from Robetta Resolution: 2→46.982 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.81
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.17 Å2 / Biso mean: 29.4625 Å2 / Biso min: 5.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→46.982 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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