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万見
- PDB-6k6i: The crystal structure of light-driven cyanobacterial chloride imp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k6i
タイトルThe crystal structure of light-driven cyanobacterial chloride importer from Mastigocladopsis repens
要素Cyanobacterial chloride importer
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / chloride ion pump / rhodopsin (ロドプシン)
機能・相同性Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha / オレイン酸 / レチナール
機能・相同性情報
生物種Mastigocladopsis repens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yun, J.H. / Park, J.H. / Jin, Z. / Ohki, M. / Wang, Y. / Lupala, C.S. / Kim, M. / Liu, H. / Park, S.Y. / Lee, W.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)20171A2B2008483 韓国
National Research Foundation (Korea)20161A6A3A04010213 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of light-driven cyanobacterial chloride importer from Mastigocladopsis repens
著者: Yun, J.H. / Park, J.H. / Jin, Z. / Ohki, M. / Wang, Y. / Lupala, C.S. / Kim, M. / Liu, H. / Park, S.Y. / Lee, W.
履歴
登録2019年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanobacterial chloride importer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,37018
ポリマ－26,0611
非ポリマー4,31017
水43224
1
A: Cyanobacterial chloride importer
ヘテロ分子

A: Cyanobacterial chloride importer
ヘテロ分子

A: Cyanobacterial chloride importer
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The buried subunit interface area was analyzed using the PISA interface. Additionally, analytical size exclusion gel chromatography (aSEC) was also used to confirm that the ...根拠: gel filtration, The buried subunit interface area was analyzed using the PISA interface. Additionally, analytical size exclusion gel chromatography (aSEC) was also used to confirm that the trimeric form was the only species found in solution.
  • 91.1 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,11154
ポリマ－78,1823
非ポリマー12,92951
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area9100 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area28490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.685, 61.685, 240.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Cyanobacterial chloride importer


分子量: 26060.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mastigocladopsis repens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.9 / 詳細: Magnesium nitrate hexahydrate, Sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20.2 Å / Num. obs: 21720 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 997

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
MxDCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ITC

5itc


解像度: 1.9→20.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Blow DPI: 0.139 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.138
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1107 5.12 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.211 21632 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9586 Å20 Å20 Å2
2--1.9586 Å20 Å2
3----3.9173 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→20.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1737 0 207 24 1968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011983HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.992643HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d713SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes303HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1983HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.11
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion236SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2421SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.91 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4464 -4.85 %
Rwork0.34 412 -
all0.345 433 -
obs--88.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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