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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p81 | ||||||
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Title | Structure of ancestral PyrR protein (AncORANGEPyrR) | ||||||
![]() | Ancestral PyrR protein (Orange) | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | Rossmann fold - #2020 / ![]() ![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Perica, T. / Kondo, Y. / Tiwari, S. / McLaughlin, S. / Steward, A. / Reuter, N. / Clarke, J. / Teichmann, S.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Evolution of oligomeric state through allosteric pathways that mimic ligand binding. Authors: Perica, T. / Kondo, Y. / Tiwari, S.P. / McLaughlin, S.H. / Kemplen, K.R. / Zhang, X. / Steward, A. / Reuter, N. / Clarke, J. / Teichmann, S.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 150.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 118.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4p3kC ![]() 4p80C ![]() 4p82C ![]() 4p83C ![]() 4p84C ![]() 4p86C ![]() 1a3cS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 20128.201 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #3: Chemical | ChemComp-GOL / | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 39.99 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 20% PEG-300, 10% glycerol, 0.1M Tris pH 8.5, 5% PEG-8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 22, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→38.9 Å / Num. obs: 55721 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 3.7 % / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.84 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.646 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 96 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1a3c Resolution: 1.8→74.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 3.1 / SU ML: 0.095 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.134 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.087 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.8→74.17 Å
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Refine LS restraints |
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