[日本語] English
万見
- PDB-6k06: Crystal structure of Importin-alpha and phosphomimetic GM130 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k06
タイトルCrystal structure of Importin-alpha and phosphomimetic GM130
要素
  • Importin subunit alpha-1
  • Peptide from Golgin subfamily A member 2ペプチド
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Importin alpha / GM130
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic spindle assembly / Golgi cis cisterna / positive regulation of protein glycosylation / Golgi disassembly / asymmetric cell division / Golgi ribbon formation / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / microtubule nucleation ...meiotic spindle assembly / Golgi cis cisterna / positive regulation of protein glycosylation / Golgi disassembly / asymmetric cell division / Golgi ribbon formation / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / microtubule nucleation / importin-alpha family protein binding / cis-Golgi network / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / centrosome cycle / COPII-mediated vesicle transport / syntaxin binding / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / Golgi cisterna membrane / NLS-bearing protein import into nucleus / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / protein glycosylation / Golgi organization / mitotic spindle assembly / spindle assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / 宿主 / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / negative regulation of autophagy / negative regulation of protein binding / 紡錘体 / 紡錘体 / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / protein transport / microtubule binding / protein homotetramerization / DNA-binding transcription factor binding / 微小管 / postsynaptic density / cadherin binding / ゴルジ体 / glutamatergic synapse / protein kinase binding / ゴルジ体 / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Golgin subfamily A / Golgin subfamily A member 2, C-terminal binding motif / Golgin subfamily A, conserved domain / Putative golgin subfamily A member 2-like protein 5 / GM130 C-terminal binding motif / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat ...Golgin subfamily A / Golgin subfamily A member 2, C-terminal binding motif / Golgin subfamily A, conserved domain / Putative golgin subfamily A member 2-like protein 5 / GM130 C-terminal binding motif / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Αソレノイド / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / Golgin subfamily A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chang, C.-C. / Chen, C.-J. / Pien, Y.-C. / Tsai, S.-Y. / Hsia, K.-C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)106-2311-B-001 -038 -MY3 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Ran pathway-independent regulation of mitotic Golgi disassembly by Importin-alpha.
著者: Chang, C.-C. / Chen, C.-J. / Grauffel, C. / Pien, Y.-C. / Lim, C. / Tsai, S.-Y. / Hsia, K.-C.
履歴
登録2019年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peptide from Golgin subfamily A member 2
C: Importin subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6962
ポリマ－52,6962
非ポリマー00
水7,963442
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.734, 79.001, 89.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

-
要素

#1: タンパク質 Peptide from Golgin subfamily A member 2 / ペプチド / phosphomimetic GM130 / 130 kDa cis-Golgi matrix protein / GM130 / GM130 autoantigen / Golgin-95


分子量: 5797.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOLGA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08379
#2: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 46898.656 Da / 分子数: 1 / Mutation: S25D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.2M Potassium thiocyante, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 50110 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / Num. unique obs: 7420 / CC1/2: 0.98 / Rsym value: 0.14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IQ1

1iq1


解像度: 1.75→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 2000 -
Rwork0.172 --
obs-50110 95.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3429 0 0 442 3871
LS精密化 シェル最高解像度: 1.75 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 --
Rwork0.244 --
obs-3305 93 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.6444 Å / Origin y: -10.84 Å / Origin z: 22.5176 Å
111213212223313233
T0.2149 Å2-0.0122 Å20.0101 Å2-0.2066 Å20.0359 Å2--0.2693 Å2
L0.9073 °2-0.5568 °2-0.6202 °2-0.7907 °20.6981 °2--0.8435 °2
S-0.0216 Å °0.031 Å °0.0127 Å °0.0935 Å °-0.0028 Å °0.0173 Å °0.0545 Å °-0.0061 Å °0.023 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る