+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ukx | ||||||
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Title | Mouse importin alpha: Bimax2 peptide complex | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT/INHIBITOR / Arm repeat / Armadillo repeat / Nuclear transport / nuclear localisation signal binding / importin beta binding / PROTEIN TRANSPORT-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / host cell / cytoplasmic stress granule ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / host cell / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / glutamatergic synapse / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Marfori, M. / Forwood, J.K. / Lonhienne, T.G. / Kobe, B. | ||||||
Citation | Journal: Traffic / Year: 2012 Title: Structural Basis of High-Affinity Nuclear Localization Signal Interactions with Importin-alpha Authors: Marfori, M. / Lonhienne, T.G. / Forwood, J.K. / Kobe, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ukx.cif.gz | 194.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ukx.ent.gz | 153 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ukx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3ukwC 3ukyC 3ukzC 3ul0C 3ul1C 1pjnS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 55268.473 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP Residues 70-529 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Kpna2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P52293 |
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#2: Protein/peptide | Mass: 3721.234 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: Designed peptide inhibitor |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.75M sodium citrate, 10mM DTT, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.953693 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 23, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.953693 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→43.811 Å / Num. obs: 37159 / % possible obs: 72.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1PJN Resolution: 2.2→43.803 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / Phase error: 18.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.06 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.845 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 127.4 Å2 / Biso mean: 33.1448 Å2 / Biso min: 9.16 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→43.803 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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