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万見
- PDB-6j19: ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j19
タイトルATPase
要素
  • ESAT-6-like protein EsxB
  • ESX-1 secretion system protein EccCb1
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / ATPase (ATPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type VII secretion system / host cell surface binding / evasion of host immune response / biological process involved in interaction with host / host cell endoplasmic reticulum / peptidoglycan-based cell wall / host cell surface / DNA binding / extracellular region / ATP binding ...protein secretion by the type VII secretion system / host cell surface binding / evasion of host immune response / biological process involved in interaction with host / host cell endoplasmic reticulum / peptidoglycan-based cell wall / host cell surface / DNA binding / extracellular region / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / EccCb-like, Actinobacteria / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain ...ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / EccCb-like, Actinobacteria / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ESX-1 secretion system protein EccCb1 / ESAT-6-like protein EsxB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.978 Å
データ登録者Wang, S.H. / Li, J. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFC0840300 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB542800 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CBA02003 中国
National Natural Science Foundation of China813300237 中国
National Natural Science Foundation of China31500607 中国
National Natural Science Foundation of China81520108019 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Structural insights into substrate recognition by the type VII secretion system.
著者: Wang, S. / Zhou, K. / Yang, X. / Zhang, B. / Zhao, Y. / Xiao, Y. / Yang, X. / Yang, H. / Guddat, L.W. / Li, J. / Rao, Z.
履歴
登録2018年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-1 secretion system protein EccCb1
B: ESAT-6-like protein EsxB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9024
ポリマ－41,3712
非ポリマー5312
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.580, 129.647, 64.195
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-322-

ARG

21A-902-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ESX-1 secretion system protein EccCb1 / ESX conserved component Cb1 / Snm2 secretory protein / Type VII secretion system protein EccCb1 / ...ESX conserved component Cb1 / Snm2 secretory protein / Type VII secretion system protein EccCb1 / T7SS protein EccCb1


分子量: 30269.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: eccCb1, snm2, Rv3871 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WNB1
#2: タンパク質 ESAT-6-like protein EsxB / 10 kDa culture filtrate antigen CFP-10 / CFP-10 / Secreted antigenic protein MTSA-10


分子量: 11101.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: esxB, cfp10, lhp, mtsA10, Rv3874, MTV027.09 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WNK5
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M sodium chloride, 25% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 23760 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 0.589 / Net I/σ(I): 2.9 / Num. measured all: 249653
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.98-2.015.50.6749330.7280.2790.7350.45777.5
2.01-2.056.70.67610700.7480.260.7280.47390.5
2.05-2.097.20.65711420.7910.2470.7060.48995
2.09-2.137.70.56611880.8640.2070.6050.48497.8
2.13-2.188.40.56211650.8560.20.5980.48799.2
2.18-2.238.90.55411880.8980.1920.5870.48899.7
2.23-2.299.20.51311910.9230.1760.5430.52699.8
2.29-2.359.50.45212020.9430.1530.4780.533100
2.35-2.4210.70.43912040.9520.1390.4610.54100
2.42-2.4911.10.43312130.9520.1350.4540.535100
2.49-2.5811.30.37211950.9710.1150.390.54599.9
2.58-2.6911.40.34412010.9720.1060.360.577100
2.69-2.8111.10.31211980.9830.0970.3270.599100
2.81-2.9611.90.29312170.9870.0880.3060.627100
2.96-3.14130.27612110.990.0790.2870.649100
3.14-3.3913.20.23512200.9930.0670.2450.678100
3.39-3.7312.50.17512250.9940.0510.1820.719100
3.73-4.2613.40.13512310.9960.0380.140.757100
4.26-5.3712.80.10112480.9980.0290.1050.68100
5.37-5012.30.08613180.9980.0250.090.534100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JD4

6jd4


解像度: 1.978→45.613 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 1218 5.13 %
Rwork0.1697 22526 -
obs0.1716 23744 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.59 Å2 / Biso mean: 34.1207 Å2 / Biso min: 13.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.978→45.613 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2105 0 32 221 2358
Biso mean--26.94 42.24 -
残基数----275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8572992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4171327
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9778-2.0570.27071160.2452163227986
2.057-2.15060.26411300.22122444257497
2.1506-2.2640.28361640.200624902654100
2.264-2.40590.23221290.193225322661100
2.4059-2.59160.251240.187325312655100
2.5916-2.85240.20031430.172725332676100
2.8524-3.2650.21991620.168925332695100
3.265-4.11310.16771310.143625872718100
4.1131-45.62540.17391190.152627132832100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9037-0.73120.56772.95260.13111.50490.31620.1881-0.8286-0.1758-0.07160.17290.34590.0653-0.27370.2921-0.0259-0.07570.16630.0050.277414.9626.8415-3.4024
21.9888-0.21950.41071.71850.05451.12990.05250.0873-0.0136-0.07180.05590.09450.1218-0.034-0.08970.195-0.0087-0.02110.16350.00520.135313.627820.6781-3.7521
33.08860.5894-1.12080.6525-0.39942.26570.0115-0.2212-0.08620.1052-0.0668-0.1083-0.0675-0.05720.04360.14590.01920.00320.18550.02990.2492.057434.97342.1622
43.549-0.44390.8840.99710.18171.4689-0.0262-0.23520.27370.08620.0588-0.0945-0.08920.0484-0.04680.2126-0.02-0.01290.1969-0.01670.189320.843729.65324.4495
50.87010.56541.7613.52513.80325.78730.0372-0.16260.01020.5204-0.14880.04160.48890.11160.01360.2969-0.0242-0.05270.21590.00890.280230.218215.175210.3355
62.56220.1920.43973.031.13383.89530.2423-0.0915-0.1102-0.02960.0788-0.01180.1105-0.2638-0.2890.21610.022-0.03460.14650.02650.201620.98912.97942.928
71.4011-1.01570.53089.38211.11582.39570.1470.1131.4449-0.05210.00230.4764-1.4136-0.2777-0.02990.54850.04440.09470.42780.13170.74035.964849.8335-11.3656
84.42860.1493-0.30835.0667-0.7415.17140.13480.64230.1425-0.31140.24030.4689-0.4893-0.7261-0.38750.25230.0179-0.02940.23960.05780.26783.159738.1787-9.9558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 320 through 343 )A320 - 343
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 344 through 431 )A344 - 431
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 432 through 469 )A432 - 469
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 470 through 546 )A470 - 546
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 547 through 559 )A547 - 559
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 560 through 580 )A560 - 580
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 87 through 94 )B87 - 94
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 95 through 100 )B95 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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