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Yorodumi- PDB-6ni1: Crystal Structure of the Beta Lactamase Class A penP from Bacillu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ni1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Beta Lactamase Class A penP from Bacillus subtilis | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / beta lactamase class A / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FORMIC ACID / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis subsp. subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the Beta Lactamase Class A penP from Bacillus subtilis Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ni1.cif.gz | 227.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ni1.ent.gz | 182.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ni1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/6ni1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/6ni1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3qhyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30101.113 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis subsp. subtilis (bacteria) Gene: penP, S101441_02191 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1Y0WMN3, beta-lactamase #2: Chemical | ChemComp-EDO / | #3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.8 / Details: 0.1 M magnesium formate 15 %(w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 9, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 51645 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 23 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.967 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique obs: 2555 / CC1/2: 0.825 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDBID 3QHY Resolution: 1.9→43.924 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 17.49
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→43.924 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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