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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ivo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a membrane protein P208A | ||||||
要素 | bestrophinCalcium-dependent chloride channel | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Kittredge, A. / Fukuda, F. / Zhang, Y. / Yang, T. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019 タイトル: Dual Ca2+-dependent gates in human Bestrophin1 underlie disease-causing mechanisms of gain-of-function mutations. 著者: Ji, C. / Kittredge, A. / Hopiavuori, A. / Ward, N. / Chen, S. / Fukuda, Y. / Zhang, Y. / Yang, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ivo.cif.gz | 284.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ivo.ent.gz | 229.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ivo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/6ivo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/6ivo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6iv0C 6iv1C 6iv2C 6iv3C 6iv4C 6ivjC 6ivkC 6ivlC 6ivmC 6ivnC 6ivpC 6ivqC 6ivrC 6ivwC 6jlfC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 33805.203 Da / 分子数: 5 / 変異: P208A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: yneE, AGG09_26735, B1727_16705, B4U21_14105, B4U25_16730, B4U27_02655, B4U30_16350, B4U35_20780, BB785_13310, BN49_2925, C3483_12335, C7V41_19985, CPT10_17935, CWN54_25435, CWQ24_13475, ...遺伝子: yneE, AGG09_26735, B1727_16705, B4U21_14105, B4U25_16730, B4U27_02655, B4U30_16350, B4U35_20780, BB785_13310, BN49_2925, C3483_12335, C7V41_19985, CPT10_17935, CWN54_25435, CWQ24_13475, DM060_34770, DM071_16710, DM078_14870, DM083_28480, DMR37_19630, DXF97_13395, NCTC11679_02573, NCTC13465_00112, NCTC5052_01714, NCTC8849_03195, NCTC9637_03467, NCTC9645_05950, NCTC9661_03571, SAMEA104305404_11875, SAMEA23986918_00256, SAMEA24002668_02597, SAMEA24012418_00268, SAMEA3649709_04169, SAMEA3673019_02937, SAMEA3727643_02313, SAMEA4394730_00268 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W9BH30, UniProt: W1ELP7*PLUS |
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-非ポリマー , 8種, 242分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-ACY / | #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 化合物 | ChemComp-NA / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.01 M zinc acetate, 6% v/v ethylene glycol, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0, 6.6 % w/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→160.1 Å / Num. obs: 109263 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.977 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5365 / CC1/2: 0.755 / Rpim(I) all: 0.399 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→48.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.125 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.45→48.76 Å
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拘束条件 |
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