PDB-6is0: Crystal structure of the zebrafish cap-specific adenosine methylt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6is0

タイトル

Crystal structure of the zebrafish cap-specific adenosine methyltransferase bound to SAH and m7G-capped RNA

要素

PDX1 C-terminal-inhibiting factor 1
m7G-capped RNA

キーワード

TRANSFERASE/RNA /

RNA METHYLATION (メチル化) /

METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / M6A /

N6-METHYLADENOSINE / TRANSFERASE-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase /

mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity /

: /

S-adenosyl-L-methionine binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / positive regulation of translation /

細胞核
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hirano, S. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Cap-specific terminal N 6 -methylation of RNA by an RNA polymerase II-associated methyltransferase.
著者: Akichika, S. / Hirano, S. / Shichino, Y. / Suzuki, T. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Sugita, A. / Hirose, Y. / Iwasaki, S. / Nureki, O. / Suzuki, T.

履歴

登録	2018年11月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2024年3月6日	Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6is0.cif.gz	221.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6is0.ent.gz	172.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6is0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/6is0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/6is0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6irvC 6irwC 6irxSC 6iryC 6irzC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zt7-d 2iyo-d 4d12-d 1vg0-d 6jwh-d 4yn3-1 4oon-d 3wc0-5 5qtk-1 2ead-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PDX1 C-terminal-inhibiting factor 1

C: m7G-capped RNA

ヘテロ分子

60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PDX1 C-terminal-inhibiting factor 1

ヘテロ分子

C: m7G-capped RNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.219, 84.035, 92.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質	PDX1 C-terminal-inhibiting factor 1 分子量: 57570.781 Da / 分子数: 1 / 変異: A308V, H344N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: pcif1 / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: A0A0R4IKJ1
#2: RNA鎖	m7G-capped RNA 分子量: 1083.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 320分子

#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / m7GDP 分子量: 458.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₁P₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] / Bis-tris propane 分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.36 % / Mosaicity: 0.04 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 9% PEG 3350, 0.1M potassium thiocyanate, 0.05M bis-Tris propane

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→47.74 Å / Num. obs: 54004 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 31.26 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 364594 / Scaling rejects: 130

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.84	6.9	0.576	3128	0.911	0.234	0.622	98.3
9-47.74	6.1	0.039	521	0.998	0.016	0.042	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IRX

6irx

解像度: 1.8→47.736 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2145	2657	4.93 %
R_work	0.1771	-	-
obs	0.1789	53942	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.87 Å² / B_iso mean: 40.4453 Å² / B_iso min: 18.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→47.736 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3808	75	90	313	4286
B_iso mean	-	-	44.01	42.7	-
残基数	-	-	-	-	470

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8327	0.2841	128	0.2328	2631	2759	98
1.8327-1.868	0.2568	134	0.2148	2675	2809	98
1.868-1.9061	0.2574	154	0.2042	2618	2772	98
1.9061-1.9476	0.2244	136	0.2003	2615	2751	98
1.9476-1.9929	0.2322	141	0.189	2657	2798	98
1.9929-2.0427	0.2178	118	0.1787	2672	2790	99
2.0427-2.0979	0.234	142	0.1811	2646	2788	99
2.0979-2.1597	0.1816	140	0.1738	2699	2839	98
2.1597-2.2294	0.2199	117	0.1747	2649	2766	99
2.2294-2.3091	0.2106	137	0.1706	2707	2844	99
2.3091-2.4015	0.2091	136	0.1774	2692	2828	99
2.4015-2.5108	0.2139	145	0.1718	2685	2830	99
2.5108-2.6432	0.2035	156	0.1753	2695	2851	99
2.6432-2.8088	0.2283	142	0.1846	2700	2842	99
2.8088-3.0256	0.2357	138	0.1849	2719	2857	99
3.0256-3.33	0.2115	138	0.1815	2747	2885	100
3.33-3.8117	0.2331	140	0.1731	2775	2915	100
3.8117-4.8016	0.1931	154	0.1542	2780	2934	100
4.8016-47.7529	0.2047	161	0.1851	2923	3084	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.733	0.1604	-0.8251	2.7317	-0.3496	0.9767	0.1453	-0.0002	0.1232	-0.1688	-0.1392	-0.2167	-0.1746	0.2187	-0.0186	0.2535	0.0053	0.0033	0.3137	0.0098	0.2831	68.1091	13.7927	4.6215
2	2.2231	-0.5099	-1.9441	1.5289	1.3055	2.6225	-0.0371	-0.0641	-0.0125	0.1461	-0.0338	0.1152	0.0696	-0.0922	0.0638	0.2168	0.0436	0.008	0.2585	0.024	0.1881	49.337	6.0862	23.8386
3	3.5351	-0.628	-0.2476	3.5594	-0.5877	3.1768	0.0396	0.6005	-0.5051	-0.8484	-0.2134	0.4986	-0.0751	-0.843	0.1437	0.4714	0.1659	0.035	0.521	-0.0232	0.3621	24.8876	15.0235	28.4802
4	4.079	-1.059	0.127	3.1167	-0.8229	1.5205	-0.2395	-0.2728	0.1282	0.2979	0.2399	0.631	-0.453	-0.7757	0.1054	0.5099	0.1975	0.0779	0.5511	-0.0484	0.4529	21.6895	19.9313	38.96
5	1.3227	-0.1655	-1.2945	0.2832	0.8541	2.2427	0.0687	-0.2633	-0.0592	-0.0992	-0.089	0.1599	-0.2573	0.0533	0.0551	0.3703	0.0347	0.0024	0.238	-0.0076	0.2592	45.0724	8.9869	28.5191
6	1.1042	0.7481	-1.1463	3.591	-0.2426	1.5583	0.0911	-0.2682	0.0247	0.2519	-0.1062	-0.4192	-0.0323	0.5188	0.0019	0.2143	0.0387	-0.0422	0.3568	0.0394	0.3257	75.1301	4.6507	8.9885
7	3.0902	-0.2555	0.8917	2.8256	0.2548	3.6199	0.0976	0.4651	-0.2358	-0.4839	-0.0553	0.2832	0.1857	-0.4159	-0.0104	0.266	0.0327	-0.0351	0.2987	-0.0369	0.2224	55.2893	0.6995	-3.6783
8	1.8033	0.7867	-0.809	1.8398	-0.348	2.3401	0.1074	0.0533	0.0772	0.0706	-0.1082	0.0453	-0.0796	-0.0618	0.0018	0.1944	0.032	-0.0108	0.2208	0.009	0.2048	61.4304	1.0729	3.1576
9	1.3283	-0.9715	0.1424	1.9288	0.4256	2.3432	0.1611	0.1427	0.1732	-0.3977	-0.1445	0.1605	-0.3967	-0.0015	-0.0292	0.33	0.0444	-0.0142	0.2557	0.0172	0.2788	58.5605	21.1628	2.4404
10	1.8636	-0.0748	-0.41	2.4597	0.4705	2.635	0.0703	-0.1674	0.3887	0.1036	0.0182	0.0538	-0.4837	0.0539	-0.0824	0.2882	0.0144	0.001	0.2168	-0.0066	0.2686	60.0276	24.319	14.7414
11	2.6959	-0.9694	0.0458	1.8624	0.8028	2.7623	0.1859	0.2936	0.4114	-0.4043	-0.1694	0.3519	-0.7018	-0.4182	-0.0417	0.6335	0.0888	0.0291	0.3025	0.0158	0.5737	54.9551	34.156	5.4565

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 178 through 202 )	A	178 - 202
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 274 )	A	203 - 274
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 275 through 305 )	A	275 - 305
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 306 through 334 )	A	306 - 334
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 335 through 389 )	A	335 - 389
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 390 through 423 )	A	390 - 423
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 424 through 459 )	A	424 - 459
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 460 through 484 )	A	460 - 484
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 485 through 532 )	A	485 - 532
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 533 through 605 )	A	533 - 605
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 606 through 673 )	A	606 - 673

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)